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根据《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2016年第23号)规定,针对增值税差额征税问题,有明确的说明。在适用差额征税办法缴纳增值税且不能全额开具增值税发票的情况下,纳税人需自行开具或由税务机关代开增值税发票。在操作时,需通过新系统中差额征税开票功能,输入含税销售额(或含税评估额)与扣除额。系统会自动计算税额与不含税金额,备注栏将自动打印“差额征税”字样,以明确发票的开立情况。此操作应与其它应税行为分开进行,确保税务合规性。