从新冠病毒检测方法,学习qRT-PCR实验及数据分析
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发布时间:2024-09-05 02:12
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时间:2024-09-05 03:24
2019-nCoV检测为何需用荧光定量PCR?常规PCR为何不适用?荧光定量PCR如何实现快速定量?qRT-PCR实验原理及数据分析详解。
荧光定量PCR相较于常规PCR,具有高灵敏度和快速检测的特点,能更精确地检测到模板的量。其原理在于结合扩增与检测过程,利用荧光化学物质实时检测PCR反应中荧光信号的变化。qRT-PCR由普通PCR技术演化而来,通过在反应体系中加入荧光染料或荧光探针,根据其发光机制实时检测产物量变化。
荧光染料法中,如SYBR Green Ⅰ,它们自身不发光,但结合于dsDNA后发出荧光。随着PCR循环数增加,产物量增多,荧光信号增强。探针法中,如Taqman探针,其5’端带有荧光基团,3’端含有猝灭基团。在退火阶段,探针与模板结合;延伸阶段,聚合酶作用下,探针被水解,荧光信号释放。探针法的精准度和灵敏度高于染料法。
设计引物时,需遵循特定原则,如利用保守区设计,保持特异性。引物长度在17-25个碱基之间,G+C含量在40%-60%之间,TM值在58-62度之间。避免引物间的二聚体和自二聚体、发卡结构,以保证扩增特异性与效率。通过oligo 7等软件检测引物的二级结构,确保无不良结构。
扩增效率检测是确保qRT-PCR结果准确性的重要步骤,通过标准曲线法或LinRegPCR程序计算效率,理想范围为85%-115%。正确设计引物并进行扩增效率检测,能提高实验的可靠性和精确性。
实验过程中,RNA质量要求纯度为1.7 <OD260/OD280<2.0,A260/A230在2左右。RNA浓度理论上不低于100ng/ul,以确保后续实验的顺利进行。反转录过程中,针对不同RNA类型使用特定引物,如oligo(dt)引物用于mRNA,随即六聚体用于lncRNA和circRNA,miRNA则采用颈环引物。
cDNA检测是确保实验结果的关键步骤,可通过琼脂糖凝胶电泳验证RNA质量。直接用cDNA进行PCR扩增,结果更具有说服力。在qPCR条件确定时,若设计的引物存在较大差异,可通过梯度PCR验证最佳温度。
数据分析中,相对荧光定量PCR采用2-ΔΔCT方法处理数据。确保实验结果的准确性和可重复性,是科研工作的关键。专业服务提供商如信诺金达,可为科研人员提供分子生物学、细胞生物学、免疫学检测等服务,加速科研进程。
从新冠病毒检测方法,学习qRT-PCR实验及数据分析
扩增效率检测是确保qRT-PCR结果准确性的重要步骤,通过标准曲线法或LinRegPCR程序计算效率,理想范围为85%-115%。正确设计引物并进行扩增效率检测,能提高实验的可靠性和精确性。实验过程中,RNA质量要求纯度为1.7 <OD260/OD280<2.0,A260/A230在2左右。RNA浓度理论上不低于100ng/ul,以确保后续实验...
环状RNA成环验证实验哪里能做?
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qrt-pcr原理
1. PCR扩增过程:在PCR反应过程中,随着反应的进行,目标基因片段不断扩增,复制产生更多的DNA分子。2. 荧光标记与检测:在PCR反应体系中加入特定的荧光标记探针,这些探针能与目标基因的特定序列结合,并在DNA复制过程中释放荧光信号。通过特定的仪器,可以实时监测并捕获这些荧光信号。3. 定量分析:随着PC...
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qrt-pcr两步法还是三步法
两步法。QRT PCR一般指以RNA为模板,先逆转成cDNA,再进行qPCR。更容易突变,因此种类更多,更难研制有效疫苗,难以预防。RNA病毒的抵抗力普遍比DNA病毒弱,治愈也更容易。但也有例外,例如双链RNA病毒的抵抗力就很强,逆转录病毒的治愈就极其困难。
各位大侠,qRT-PCR需要加抗体吗
又不是做蛋白实验,需要啥抗体。PCR实验都是关于核酸的,自然不需要抗体,所需的东西叫做引物、探针之类的。
干货分享|实时荧光定量PCR qRT-PCR实验全过程(上)
2. RNA浓度测定使用Nano drop,清洗加样槽后,依次滴加样品和DEPC水进行测量。重复操作以获取所需数据,最后关闭仪器。3. cDNA反转录根据试剂盒配比,配置RT反应液,并在T100梯度PCR仪中进行反应。以上三个步骤构成了实时荧光定量PCR实验的核心环节,确保了后续实验的准确性和可靠性。
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quickQrtPCR是一个实用的shiny应用程序,专为实时荧光定量PCR(qRT-PCR)实验分析设计,旨在帮助科研人员快速计算不同样本中基因的相对表达量。该APP基于shiny、tidyverse和ggpubr技术构建,操作简便,只需导入包含Ct值的Excel文件,即可得到经过2-ΔΔCt方法计算出的相对表达量数据,极大地简化了实验数据处...