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从新冠病毒检测方法,学习qRT-PCR实验及数据分析

发布网友 发布时间:2024-09-05 02:12

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热心网友 时间:2024-09-05 03:24

2019-nCoV检测为何需用荧光定量PCR?常规PCR为何不适用?荧光定量PCR如何实现快速定量?qRT-PCR实验原理及数据分析详解。

荧光定量PCR相较于常规PCR,具有高灵敏度和快速检测的特点,能更精确地检测到模板的量。其原理在于结合扩增与检测过程,利用荧光化学物质实时检测PCR反应中荧光信号的变化。qRT-PCR由普通PCR技术演化而来,通过在反应体系中加入荧光染料或荧光探针,根据其发光机制实时检测产物量变化。

荧光染料法中,如SYBR Green Ⅰ,它们自身不发光,但结合于dsDNA后发出荧光。随着PCR循环数增加,产物量增多,荧光信号增强。探针法中,如Taqman探针,其5’端带有荧光基团,3’端含有猝灭基团。在退火阶段,探针与模板结合;延伸阶段,聚合酶作用下,探针被水解,荧光信号释放。探针法的精准度和灵敏度高于染料法。

设计引物时,需遵循特定原则,如利用保守区设计,保持特异性。引物长度在17-25个碱基之间,G+C含量在40%-60%之间,TM值在58-62度之间。避免引物间的二聚体和自二聚体、发卡结构,以保证扩增特异性与效率。通过oligo 7等软件检测引物的二级结构,确保无不良结构。

扩增效率检测是确保qRT-PCR结果准确性的重要步骤,通过标准曲线法或LinRegPCR程序计算效率,理想范围为85%-115%。正确设计引物并进行扩增效率检测,能提高实验的可靠性和精确性。

实验过程中,RNA质量要求纯度为1.7 <OD260/OD280<2.0,A260/A230在2左右。RNA浓度理论上不低于100ng/ul,以确保后续实验的顺利进行。反转录过程中,针对不同RNA类型使用特定引物,如oligo(dt)引物用于mRNA,随即六聚体用于lncRNA和circRNA,miRNA则采用颈环引物。

cDNA检测是确保实验结果的关键步骤,可通过琼脂糖凝胶电泳验证RNA质量。直接用cDNA进行PCR扩增,结果更具有说服力。在qPCR条件确定时,若设计的引物存在较大差异,可通过梯度PCR验证最佳温度。

数据分析中,相对荧光定量PCR采用2-ΔΔCT方法处理数据。确保实验结果的准确性和可重复性,是科研工作的关键。专业服务提供商如信诺金达,可为科研人员提供分子生物学、细胞生物学、免疫学检测等服务,加速科研进程。
从新冠病毒检测方法,学习qRT-PCR实验及数据分析

扩增效率检测是确保qRT-PCR结果准确性的重要步骤,通过标准曲线法或LinRegPCR程序计算效率,理想范围为85%-115%。正确设计引物并进行扩增效率检测,能提高实验的可靠性和精确性。实验过程中,RNA质量要求纯度为1.7 &lt;OD260/OD280&lt;2.0,A260/A230在2左右。RNA浓度理论上不低于100ng/ul,以确保后续实验...

环状RNA成环验证实验哪里能做?

研载生物可以提供环状RNA成环验证实验服务,欢迎咨询!1.琼脂糖凝胶电泳实验分别用Divergent primer 和Convergent Primer 检测cDNA样品和gDNA样品。对照组为GAPDH,分别使用Diveraent PrimerConveraent PrimerCDNA和gDNA中检测环状RNA和GAPDH,在...

qRT-PCR相对定量分析,你学会了吗

qRT-PCR基于cDNA模板通过荧光信号实时监测扩增过程,Ct值代表荧光信号达到预设阈值的循环数。实验中,扩增曲线评估引物效率,理想的是一次性峰值,保证结果准确性。而 Livak法的步骤如下:计算对照组(wt)和处理组(mut)的内参基因(如ATCB)Ct值均值。计算目标基因(OCA2)的Ct值与内参基因的差值(...

干货分享|实时荧光定量PCR qRT-PCR实验全过程(下)

qRT-PCR实验主要分为两部分,即qPCR(实时荧光定量PCR)反应和上机测试。首先,需要按照说明书中给出的比例精确配制qPCR反应液,并将所需的cDNA按10倍稀释,然后按照特定比例将配制好的引物和稀释后的cDNA加入到八联管中,准备进行上机测试。上机测试则在LightCycler 96仪器上进行。首先,点击Eject按钮,释...

qrt-pcr原理

1. PCR扩增过程:在PCR反应过程中,随着反应的进行,目标基因片段不断扩增,复制产生更多的DNA分子。2. 荧光标记与检测:在PCR反应体系中加入特定的荧光标记探针,这些探针能与目标基因的特定序列结合,并在DNA复制过程中释放荧光信号。通过特定的仪器,可以实时监测并捕获这些荧光信号。3. 定量分析:随着PC...

qRT-PCR引物设计的一般准则及引物设计实操

qRT-PCR的引物设计需遵循一般PCR引物设计原则并结合额外规则。首选扩增子大小为75-150bp,更长的扩增子(150-200 bp)可验证分析。引物应具有40-60%的GC含量,Tm接近60°C,3'端以2G/C夹紧,避免单核苷酸、二核苷酸或三核苷酸重复,且避免引物的同源和异源二聚化。同时,设计引物时需关注目标上的...

qrt-pcr两步法还是三步法

两步法。QRT PCR一般指以RNA为模板,先逆转成cDNA,再进行qPCR。更容易突变,因此种类更多,更难研制有效疫苗,难以预防。RNA病毒的抵抗力普遍比DNA病毒弱,治愈也更容易。但也有例外,例如双链RNA病毒的抵抗力就很强,逆转录病毒的治愈就极其困难。

各位大侠,qRT-PCR需要加抗体吗

又不是做蛋白实验,需要啥抗体。PCR实验都是关于核酸的,自然不需要抗体,所需的东西叫做引物、探针之类的。

干货分享|实时荧光定量PCR qRT-PCR实验全过程(上)

2. RNA浓度测定使用Nano drop,清洗加样槽后,依次滴加样品和DEPC水进行测量。重复操作以获取所需数据,最后关闭仪器。3. cDNA反转录根据试剂盒配比,配置RT反应液,并在T100梯度PCR仪中进行反应。以上三个步骤构成了实时荧光定量PCR实验的核心环节,确保了后续实验的准确性和可靠性。

转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!

转录组测序(RNA-seq)将细胞内某一类型(或全部)的RNA逆转录成DNA,通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。qRT-PCR 是指通过对 PCR 扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。RNA-seq无需知道实验样本的基因...

quickQrtPCR | 一个辅助计算qRT-PCR相对表达量的shiny APP

quickQrtPCR是一个实用的shiny应用程序,专为实时荧光定量PCR(qRT-PCR)实验分析设计,旨在帮助科研人员快速计算不同样本中基因的相对表达量。该APP基于shiny、tidyverse和ggpubr技术构建,操作简便,只需导入包含Ct值的Excel文件,即可得到经过2-ΔΔCt方法计算出的相对表达量数据,极大地简化了实验数据处...

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