环状RNA成环验证实验哪里能做？
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发布时间：2024-05-02 00:48
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随着对circRNA研究的越来越多，已知的circRNA数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circRNA相关的数据库列表，希望能帮到您：
1.circBase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。
2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络, 并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4]，利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet*网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月 。网址：http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月 网址：http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。
哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源?
通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网...
环状RNA合成公司哪家好？
作为广州吉赛生物科技股份有限公司的工作人员，我们深知环状RNA合成技术的复杂性和专业性。在环状RNA合成领域，有多家公司均表现出色，各自拥有独特的技术优势和丰富的行业经验。然而，要评价哪家公司，需要考虑多方面的因素，如技术创新能力、产品质量、客户反馈等。广州吉赛生物科技股份有限公司也在此领域有着深入的研究和丰富的经验，我们致力于为客户提供高质量的环状RNA合成服务。因此，选择环状RNA合成公司时，建议客户根据自身需求和实际情况进行综合评估，选择最适合自己的合作伙伴。环状RNA因独特的闭环结构而稳定性更强，作为线性mRNA的有效替代品，是下一代基因治疗开发的理想平台。吉赛生物拥有原创的环化专利技术，可实现RNA高效环化，制备的circRNA完整性好、纯度高、翻译表达能力强，可用于细胞转染、动物实验、药效评估...
如何评价中科大发现的环状非编码RNA
环形RNA分子最近数年才引起研究人员注意，而此前的研究主要集中于线形RNA分子。单革教授实验室发现的新型环状非编码RNA，被命名为外显子-内含子环形RNA。在论文中，他们还对这类新型环状非编码RNA为何会成为环形而不是线形分子进行了研究，发现成环序列两端经常会有互补的重复序列存在。
如何做环状RNA的功能验证
功能验证可以通过荧光定量PCR实验来实现，先设计特异性引物，然后取样检测。
如何做环状RNA的功能验证
2. circRNA Northern blot验证 Northern blot方法是一种比较古老但行之有效的序列验证方法，需围绕circRNA设计探针序列，而探针序列设计是验证成功至关重要的环节。对于circRNA探针设计，我们建议以下两点：1. 对于外显子环化circRNA，建议探针尽可能跨backsplice junction位点；2.对内含子环化circRNA，可围绕内...
【circRNA】circRNA的后期验证
验证策略是对基因组DNA、总RNA以及CircRNA（DNA free、rRNA free、linearRNA free）同时进行杂交验证。=== 过表达验证circRNA === CircRNA的成环机制有很多，其中基于CircRNA侧翼的反向互补序列（Alu序列）是目前公认的一种成环机制（如下图）。因此我们可以通过PCR扩增目标区域（包含CircRNA侧翼的Alu元...
基因编辑环状RNA |源井
需要先找到circRNA的成环元件,成环元件一般位于被环化外显子两端的长侧翼内含子中。找到成环元件后,在两端设计gRNA进行敲除,既不破坏编码基因的外显子,又可以实现circRNA的敲除(图4.) 应用案例: circ-HIPK3是人体细胞内含量丰富的一种环状RNA,它可以与多种miRNA结合,作为细胞生长的调节剂,影响肿瘤的形成。为了...
环状RNA实验求助 RNase R
RNase R消化一般是用来做环状RNA鉴定的，环状RNA定量的话用总RNA吧，定量引物设计在环状RNA的接头处，内参照样用线状的内参就可以啦
中研院:我们在自闭症基因分析有了新发现,这将是一个大进展
中研院说，庄树谆所率领的大数据分析与神经科学实验室团队，透过先前开发的环状RNA侦测软体（NCLscan），设计大数据分析流程，从超过200个样本的转录体定序（RNA-seq）资料，找到60个在自闭症患者大脑皮质中表现异常的环状RNA。再经统计模型分析显示，根据此60个环状RNA的表现情形，能有效区别自闭症与非自闭...
环状RNA实验求助 RNase R
越来越多的环状RNA（circRNA）不断报道发现：1，起始模版需满足以下要求（3free），常规手段是围绕目的片段的上下游分别设计PCR引物.1），PCR扩增含侧翼Alu序列的目标DNA序列；2，可以增强backsplicejunction位点处扩增效率。验证策略，针对backsplicejunction位点前后序列设计siRNA.对内含子环化circRNA，...
CircRNA免疫共沉淀实验的流程介绍?
土豆酶处理：使用土豆酶处理溶液，将环状RNA解除线性化。这样可以避免在后续的分析中引入circRNA的序列偏差。纯化：将琼脂糖磁珠与结合的免疫复合物进行洗涤，去除非特异性结合的蛋白。RNA提取：使用适当的方法从琼脂糖磁珠上纯化circRNA。分析：提取的circRNA可进行进一步的实验分析，如逆转录-聚合酶链式反应RT...
