在一个细菌中用知的蛋白钓出能与其结合的未知DNA的方法，求指点，能说明原理更好！
发布网友
发布时间：2022-09-17 22:06
共3个回答
热心网友
时间：2023-10-18 07:41
2.DNaseI足迹试验(DNaseI footFIrinting assay) DNaseI足迹试验是一种测定DNA结合蛋白在DNA上的准确结合位点的技术。 当DNA分子中的某一区段同特异的转录因子结合之后便可以得到保护而免受DNaseI 酶的切割作用，而不会产生出相应的切割分子，结果在凝胶电泳放射性自显影图片上便出现了一个空白区，俗称为“足迹”。
3. 甲基化干扰实验（Methylation interference assay）是根据DMS（硫酸二甲酯）能够使DNA分子中裸露的鸟嘌呤（G）残基甲基化，而六氢吡啶又会对甲基化的G残基作特异性的化学切割这一原理设计的另一种研究蛋白质同DNA相互作用的实验方法。
4.Pull-down实验： 拉下实验又叫做蛋白质体外结合实验（binding assay in vitro），是一种在试管中检测蛋白质之间相互作用的方法。其基本原理是将某种小肽（例如生物素、6-His标签以及谷胱甘肽转移酶等）的编码基因与诱饵蛋白的编码基因重组，表达为融合蛋白。分离纯化融合蛋白并与磁珠结合，使之固相化之后，再与表达目的细胞提取物混合保温适当时间，例如在4℃下保温过夜，使目标蛋白同已经固定在磁珠表面的融合蛋白中的诱饵蛋白充分的结合。然后回收磁珠，pull出目的片段
5.生物芯片技术是基于生物大分子间相互作用的大规模并行分析方法，使得生命科学研究中所涉及的样品反应、检测、分析等过程得以连续化、集成化和微型化，现已成为当今生命科学研究领域发展最快的技术之一
6.染色体沉淀：用细菌基因组与目的蛋白孵育，然后用甲醛交联，随机断裂，然后WB分析。
7.酵母单杂交： 酵母单杂交(Yeast one-hybrid)是根据DNA结合蛋白(即转录因子)与DNA顺式作用元件结合*报道基因表达的原理，克隆与靶元件特异结合的转录因子基因(cDNA)的有效方法。其理论基础是：许多真核生物的转录激活子由物理和功能上独立的DNA结合区(DNA-binding domain BD)和转录激活区(Activation domain AD)组成，因此可构建各种基因与AD的融合表达载体，在酵母中表达为融合蛋白时，根据报道基因的表达情况，便能筛选出与靶元件有特异结合区域的蛋白。理论上，在单杂交检测中，任何靶元件都可被用于筛选一种与之有特异结合区域的蛋白。
热心网友
时间：2023-10-18 07:41
1.数据分析
到蛋白，DNA相互作用预测网站把细菌DNA基因组和已知蛋白数据录入，进行预测
2实验方案
（1）gel-shift assay，即所谓的凝胶阻滞分析，
原理是将已知蛋白质和细菌基因组DNA文库（质粒，并把质粒切开使之线性化）混合，和蛋白结合的DNA电泳时会比对照组DNA跑得慢（被阻滞），将这个滞后的DNA-蛋白结合物切出凝胶，去除凝胶后经甲醛或合适的试剂交联蛋白和DNA，再用DNA酶消化这个结合物，没有蛋白保护的DNA会被切掉，再去交联后分离DNA，将之测序即可知道与目标蛋白结合的DNA序列。
热心网友
时间：2023-10-18 07:42
