科目二不交费不会自动取消，但会导致考试进程停滞。根据规定，学员需要在指定时间内完成交费手续，否则会影响安排考试时间和教练资源。如果未及时交费，学员需要重新安排考试时间，并补交相关费用。因此，尽早完成交费手续对于顺利进行科目二考试是非常重要的。