首先，整篇论文的文本内容应该被查重系统覆盖，包括引言、正文、结论等部分。

其次，参考文献和引用部分也应该被纳入查重范围，因为直接复制他人的观点或文字也属于抄袭行为。

此外，图表、公式和其他非文本内容的原创性也应受到考虑。

最后，学校或教育机构可能会设定特定的查重范围，如要求排除封面、目录、致谢等部分。