网络药理学常见问题速读——数据库篇

发布网友发布时间：2024-10-22 18:42

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热心网友时间：2024-10-24 06:40

使用tcmsp数据库和文献补充药物成分通常足够，但需根据需求适当结合其他数据库以增加化合物多样性。通过爬虫程序收集文献中的药物相关成分信息，汇总分析。

在swisstargetprediction数据库预测活性成分靶点后，设置score值进行靶点筛选，然后与疾病靶点集合进行交集运算。注意，各成分对应的靶点文件无需去重，之后构建网络图时使用。

成分若无pubchemcid，需通过swissadme评估其类药性，判断是否为有效化合物，不宜直接删除。成分未在数据库中测得或无id时，使用swissadme筛选判断。

swisstargetpredicition数据库中的靶点无需在uniprot中校准基因名，因其靶点名称已参照uniprot数据库，但适当校准基因以避免遗漏。

将pubchemcid粘贴至pubchem获取smile号时，若搜出成分数量少于输入的，需处理记录，以便后续利用其他方法找到该成分。其他方法包括直接从swissadme或swisstargetprediction获取结构，或使用mol2sm工具转换。

在TCMSP数据库上靶点预测效果与swisstargetprediction数据库有所差异时，针对未预测到靶点的成分可考虑补充TCMSP上的靶点，但通常推荐使用一个数据库以避免算法差异导致的混淆。

除TCMSP、TCMIP、HERB数据库外，还有其他查找中药成分的数据库，如TCM@Taiwan、The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine、SymMap、HIT、Batman-TCM、YaTCM、NPACT、NPASS、CHEM-TCM、TCM-ID等，以及相关疾病基因数据库如Genecards、OMIM、DisGENet等。

在TCMSP网站筛选出的成分中，仅有一个成分在pubchem中找到IsomericSMILES，这表明其他成分可能需要通过其他方式查找靶点信息，如使用TCMSP下载MOL2文件转换为SDF格式，导入SWISS进行靶点预测，或自行绘制结构。

使用TCMSP按OB值和DL值筛选出的成分数量较少时，需评估筛选出的成分是否直接作用于疾病，避免遗漏有效成分。收集文献资料，尝试外文数据库，或放宽筛选标准以获取更多成分，但需后续分析筛选。

对于带Cl离子的化合物在swisstargetprediction库检索困难时，可先排除，或尝试使用其他数据库查找对应靶点。遇到带离子化合物时，使用不含离子的结构式进行预测，然后对比TCMSP上的结果。