进化树结构进化树
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发布时间：2024-10-24 18:43
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时间：2024-11-13 03:43
随着X－ray和NMR等实验技术的不断进步，蛋白质结构研究的进展显著，结构数据量日益庞大且精度提高，这使得结构比较成为可能。即使是一些一级序列差异极大的蛋白质，其空间结构的相似性使得结构叠合比较成为研究它们进化关系的有效手段，它揭示了结构比较在获取结构信息方面优于序列比较的特性。研究表明，蛋白质的结构保守性远超序列，即使序列有70%的变化，其折叠模式通常保持稳定，这体现了结构比较的优越性。
针对蛋白质结构比较，研究方法多样，主要包括刚体结构叠合比较和多特征结构比较。刚体叠合比较通过计算结构间的拓扑等价位点个数或Cα原子距离的均方根值构建进化树，适用于同源蛋白质结构预测的骨架结构分析。而多特征结构比较则综合考虑如物理特性、空间倾向性等指标，有时称为“类结构”进化树，适用于处理结构差异较大的蛋白质。
刚体叠合法要求高质量的晶体结构数据，但由于实际测得的结构数据有限，这种方法可能不适用于所有同源蛋白质。另外，即使同源蛋白质有相同的折叠结构，其二级结构成分也会因为进化压力而发生形变和相对移动，这可能会影响刚体叠合的结果。因此，需要发展更为灵活的确定拓扑等价位点的方法，考虑二级结构的动态变化。多特征比较工具如Phylip软件包，包含30多个程序，覆盖系统发育的各个方面，是广泛应用的系统发育工具。
扩展资料
进化树，英文Evolutionary Trees。在生物学中，用来表示物种之间的进化关系，又称“系统树”、“系谱树”。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出：生物进化有一个规律，都是从水生到陆生，从低等到高等，从简单到复杂。有相关图书一册。
