使用MutMap快速定位突变基因:实战篇

发布网友发布时间：2024-10-19 14:38

共1个回答

热心网友时间：2024-12-13 00:23

在深入理解了MutMap的工作原理和分析流程后，让我们通过实际操作来体验MutMap的威力！

MutMap的开发者已经为我们准备了一个预先搭建好的Pipeline工具包，只需简单几步，你就能开始数据处理。首先，你需要一台Linux服务器，最好是配置较高的，因为处理大量数据时，个人电脑难以胜任。安装Linux系统，如Redhat、Ubuntu或CentOS。

接着，确保安装以下软件，如FASTX-Toolkit（推荐0.0.13及以上版本以支持Illumina 1.8+的Phred+33质量评分规则），安装位置在服务器的工作目录下。对于MutMap pipeline framework，下载后解压至该目录。

将你的测序数据上传至服务器，并通过MD5验证文件完整。在Windows系统中可通过相关教程生成MD5值，在Linux中则可以参考相关博客文章。接下来，将数据链接到野生型、分离群体混池的文件夹中，同时，准备好参考基因组的fasta文件，并编辑common.fnc文件，按照MutMap Protocol进行相应设置。

对测序数据进行质控和过滤，然后构建参考基因组。通过运行"Run_all_Bats.sh"命令，对野生型亲本的reads进行比对和SNP替换。完成这些步骤后，MutMap会输出突变体混池数据分析和SNP信息，存储在特定的文件夹中。

为了更直观地查看突变位点，你可以使用samtools tview命令，或者使用IGV工具。然而，MutMap输出的结果并未直接包含突变位点的注释，这时需要借助snpEFF、ANNOVAR、AnnTools等工具进行详细注释。

最后，MutMap的分析结果将展示突变基因的连锁区间和候选突变位点，如你看到的那张示例图所示。