如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据
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发布时间：2024-10-23 22:37
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时间：2024-10-25 03:37
首先，访问TCGA数据库官网portal.gdc.cancer.gov。在搜索框输入“胆管癌”（TCGA-CHOL），点击“PR”找到数据。
接着，点击“Methylation Array”后的“36（Cases数）”。在页面左侧，勾选“Methylation Beta Value”，文件数量将从145个减少至45个。点击“Add All Files to Cart”。
之后，前往购物车，下载样本信息表，命名为“gdc_sample_sheet.2022-08-06.tsv”。完成下载后，获取名为“gdc_download_20220806_013206.570127.tar.gz”的压缩文件。
将文件解压至“TCGA_CHOL/methylation”文件夹中，同时将“gdc_sample_sheet.2022-08-06.tsv”复制并重命名为“methylation_sample_sheet.tsv”。至此，数据结构已整理完毕。
解压后，将看到45个单独的样本文件夹，每个文件夹对应一个样本的DNA甲基化数据。打开“betas.txt”文件，查看数据格式：第一列是450K芯片的探针ID，对应CpG位点，其余列代表甲基化水平的beta值（0-1，0表示非甲基化，1表示完全甲基化）。
本教程暂告一段落，后续我们将指导您使用R代码将这45个样本的甲基化值整合为矩阵。敬请期待！
