易基因|染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq)|技术推介
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发布时间：2024-10-01 16:36
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时间：2024-10-04 21:28
大家好，这里是专注于表观组学十余年，处于多组学科研服务领先地位的易基因。今天向大家介绍易基因的旗舰产品：染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq)。
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种研究蛋白质与DNA相互作用的传统方法。通过将ChIP技术与高通量测序技术结合，ChIP-Seq技术可以在全基因组范围内高效准确地筛选和鉴定特定蛋白的DNA结合位点，为研究的深入发展奠定基础。
DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。利用特定修饰的组蛋白、DNA结合蛋白或转录因子的特异性抗体富集与其结合的DN*段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序。通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可以获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。
应用方向
技术优势
技术路线
实验策略
分析内容
送样要求
经典案例
项目文章
ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化酶在体细胞重编程*转录机制
Huang Y, et al. JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061.
背景：
作为个体发育和干细胞分化中最重要的组蛋白修饰之一，H3K27me3标记发育分化基因并抑制其表达，在基因组水平H3K27me3的动态变化是发育和分化得以有序进行的重要基础。体细胞重编程是发育和分化的逆向过程，H3K27me3势必经历逆向的时空变化。
方法：
将小鼠饲养在病原体的环境中，12小时光照/黑暗循环，温度保持22-24°C，相对湿度40–70%，吸入二氧化碳进行安乐死，提取样本对体细胞重编程，进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。
作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析，揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程中协同*转录新机制。首先，JMJD3对重编程有2方面相反的作用；在机制上，JMJD3被KLF4特异性地招募至上皮和多能性基因位点，并辅助KLF4激活这些基因。进一步，作者还在多种其他KLF4介导的细胞命运转变中验证了JMJD3的这一作用模式。
参考文献：
Huang Y, et al. JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061.
项目文章｜ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化酶在体细胞重编程*转录机制
技术贴｜ChIP-seq技术简介
一文看懂：ChIP实验和qPCR定量分析怎么做
文献科普｜ChIP-seq技术及其在植物研究领域中的应用
易基因|染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq)|技术推介
染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种研究蛋白质与DNA相互作用的传统方法。通过将ChIP技术与高通量测序技术结合，ChIP-Seq技术可以在全基因组范围内高效准确地筛选和鉴定特定蛋白的DNA结合位点，为研究的深入发展奠定基础。DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象...
易基因 | ChIP-seq技术简介
染色质免疫沉淀后测序( ChIP seq )是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步，ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低，ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。原理：...
科研人必不可少的chip-seq,尽快收藏
本文旨在浅显易懂地解析 ChIP-seq 技术及其应用，帮助科研人员更好地理解这一方法。ChIP-seq 技术结合了 ChIP（染色质免疫共沉淀）和二代测序（Next Generation Sequencing），用于探索蛋白质与 DNA 的相互作用。ChIP-seq 主要应用于研究转录因子和组蛋白的结合位点。ChIP 技术通过免疫沉淀特定蛋白质结合的...
文献阅读笔记:CUT&Tag
大规模平行测序的出现和每个碱基成本的大幅降低推动了基因组学革命,然而,由于用于绘制染色质片段的方法存在局限性,表观基因组分析的前景一直滞后。染色质免疫沉淀测序技术(ChIP-seq)及其衍生方法具有信号低、背景高和交联导致的表位掩蔽等缺点,且需要大量的细胞。ChIP的替代方法包括对非固定细胞的酶拴系方法,如DamID7、...
ChIP-seq需知问题及展望
染色质免疫沉淀后测序(ChIP-seq)是一种针对DNA结合蛋白,组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。随着测序成本的降低,ChIP-seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。在这篇文章中,我们对前面的内容做一个总结,分析下现阶段ChIP-seq存在着哪些需要注意的问题以及我们该如何更好地利用这项技术获得研究成果...
易基因:人早期胚胎发育的表观遗传调控(染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化...
在生命的初期阶段，易基因科技引领着科研探索的前沿，深入研究哺乳动物胚胎发育中至关重要的表观遗传调控机制。这一过程涉及染色质重塑、组蛋白修饰以及DNA甲基化等关键步骤，共同塑造了细胞的命运和发育程序。染色质重塑：发育蓝图的启动</ 受精卵在着床前，染色质结构经历了一场重编程，早期的染色质可...
《肿瘤信息学》笔记—第2章 组学数据—信息之源和计算之需
表观遗传组学数据方面，DNA甲基化测序技术如全基因组甲基化测序，组蛋白修饰位点测序技术如CHIP-chip芯片检测和CHIP-Seq高通量测序，这些技术都是基于染色质免疫共沉淀技术。目前的表观遗传测序计划包括NIH Roadmap计划和ENCODE计划，旨在构建不同组织类型的表观遗传谱特征。转录组学数据提供基因表达的信息，...
什么是CHIP-PCR?什么是CHIP-chip?
chip-chip是染色质免疫共沉淀技术（ChIP）及与芯片方法的结合。应用 ChIP-chip技术对于大规模挖掘顺式调控信息成绩卓著，同时它可以用于胚胎干细胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。研究人员还可以利用这项技术开发一些治疗方法。ChIP-chip技术研究主要集中于两个领域：及转录因子的...
单细胞ChIP-seq技术(CoBATCH)
蛋白质和DNA相互作用的染色质免疫共沉淀技术（ChIP-seq）技术是研究表观遗传调控的一种重要手段，常规ChIP-seq技术需要使用超声打断交联的基因组片段，然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段，并将目的DNA片段纯化后，进行建库测序。这一系列操作使得ChIP-seq需要百万个细胞作为起始材...
【转录因子】转录因子及其研究方法
荧光探照灯：双荧光素酶实验: 这一探照灯照亮了转录因子与特定启动子序列的舞蹈，精准地揭示其调控的微妙触角。深度解析：染色质免疫共沉淀: ChIP技术如同显微镜下的微观世界，ChIP-PCR揭示转录因子与启动子的直接连接，而ChIP-seq则如放大镜般揭示了它们作用的整个元件图谱，揭示生态适应的深层逻辑。这些研究...
