Materials Studio官方教程:Forcite——运行限制性剪切计算【2】_百 ...

发布网友发布时间：2024-09-26 18:07

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热心网友时间：2024-10-04 18:23

进行剪切计算之前，首先进行短时间几何优化和长时间NVT动力学，以平衡十三烷聚合物结构。为平衡聚合物中的原子位置，限制铁原子位置。在3D viewer中，选择并固定铁原子位置，然后弛豫十三烷结构。利用Forcite Calculation对话框，设置任务为几何优化，选择COMPASSIII作为力场，调整电荷组方法为Group based。计算开始后，结构的初始弛豫消除了构建过程中产生的不良接触，可能需要进一步的结构平衡，如运行分子动力学计算，或使用模拟退火计算。在Forcite Calculation对话框中，设置为Anneal任务，指定温度循环参数，确保至少执行50,000个平衡结构的动力学步骤。计算完成后，得到三个结构文档。

执行限制性剪切计算前，取消对Fe原子位置的固定。选择所有原子，打开Edit Constraints对话框，取消固定Fe原子位置。设置限制性剪切模拟参数，通过Forcite Calculation对话框，选择Confined Shear任务，设置模拟步骤和输出帧间隔。运行模拟并分析结果。打开包含速度剖面信息的图表文档和数据表文档，观察晶胞内部在z方向上的速度变化。双击Layer.xtd文件，通过Forcite Analysis对话框分析速度剖面、温度分布和浓度分布，分别查看FLUID (tridecane)成分、温度和浓度在z方向上的变化。计算多个帧的平均浓度分布，以查找与时间的依赖关系。使用Display Style对话框改变显示方式，观察轨迹动画中十三烷向金属墙壁移动的过程。最后，保存项目结束教程。

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