根据引物定位PCR产物序列及基因组位置

发布网友发布时间：2024-09-26 19:56

共1个回答

热心网友时间：2024-10-26 11:54

当需要某个基因组序列但文献中提供的信息仅限于引物和基因名称，而未提供完整序列及位置时，PCR实验和测序是个可行的选择。这里分享一种利用生信学方法确定PCR产物序列和基因组位置的步骤：

1. 首先，可以通过UCSC的In-Silico PCR工具简化操作。登录 genome.ucsc.e，输入两个引物序列（确保选择“Flip Reverse Primer”选项），提交后，工具会显示目标序列及其在基因组中的位置，包括退火温度等信息，适合生信初学者。

2. 对于批量操作，可以考虑手动Blast对比。将引物序列保存为Fasta格式，执行blastn命令，参数包括-evalue（如100，以保证结果准确性）和-word_size（如4，增大比对精度），对比人基因组hg19。Blast结果会列出所有可能的匹配，包括详细位置。

3. 使用经典转录本信息和hg19基因区间文件，筛选出目标基因（如HS3ST2）附近（上下5kb）的比对结果。Primer1和Primer2的匹配组合，需确保产物长度与文献中提供的140bp接近。

4. 最终，根据筛选出的比对结果，挑选出位于目标基因区间的有效组合，长度误差在5bp以内。具体序列则可使用samtools faidx获取。

通过以上步骤，即便只有引物信息，也能确定PCR产物在基因组中的准确位置和序列。这种方法虽然需要一些生信技能，但能够有效解决获取完整序列位置的问题。