分子动力学计算软件哪家好

发布网友发布时间：2024-09-01 01:34

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热心网友时间：2024-10-10 19:44

分子动力学模拟工具：CHARMM的概览与特色

CHARMM，这一里程碑式的软件诞生于70年代末，由Martin Karplus小组开创，源于早期计算蛋白质结构能量的尝试。它的根源可追溯至Lifson的consistent force field（CCF），并在Bruce Gelin和Andy MacCammon等人的推动下，逐渐发展成为一套集结构分析、相互作用研究和动力学模拟于一体的综合工具。1983年的论文发布，标志着CHARMM在生物大分子领域中的确立，它不仅是历史最悠久的力场，也是应用最广泛的模拟软件。历经数十年，CHARMM与生物分子动力学同步演进，由全球各地的开发者共同参与，其中不少是Karplus研究团队的成员或合作研究者。主要以Fortran编程语言构建，至今代码量庞大，约有百万行。得益于开发者同时也是算法创新者的多元背景，CHARMM汇聚了生物动力学模拟领域的前沿技术。

然而，这种松散的开发模式和模块间复杂的关系，尽管增强了功能多样性，也带来了一些挑战，如维护难度和性能优化的需求。目前，CHARMM的开发维护主要由Charles Brooks III在密歇根大学的团队负责，以每年一次的主版本发布为标志，分为a测试版和b稳定版，最新的稳定版本是c41b1。