发布网友 发布时间:2024-08-26 05:03
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热心网友 时间:2024-08-26 05:28
NCBI教程:寻找基因序列对比最快捷的方法
NCBI的BLAST工具,全称为基本局部序列比对工具,是用于生物序列相似性搜索的强大程序。由美国国立生物技术信息中心开发,通过与公开数据库的所有序列进行匹配,帮助科学家找到相似或相同的序列片段。
生物序列的相似性以量化的方式衡量,如百分比或特定度量,如A序列与B序列的80%相似度。序列比对的目的在于识别未知序列的生物属性,通过对比数据库中的已知序列来确定其特性。常见的比对工具如BLAST和FASTA等,通过两两序列比较实现这一功能。
使用BLAST的主要步骤包括:访问其在线平台(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),输入待分析序列和相关参数,然后分析比对结果。评估BLAST结果的参数主要包括E值(随机匹配的概率)、一致性(匹配碱基的百分比)、缺失或插入(用“—”表示)以及得分,其中E值接近零表示极高的相似性,而Identities则直接衡量序列匹配的精确度。
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