基因组高通量测序原理
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发布时间：2024-08-11 15:45
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时间：2024-08-18 13:42
基因组高通量测序的原理基于双脱氧测序法，最初由Sanger等人在1977年提出。测序过程涉及从每个质粒模板DNA板两端对称进行测序，每个板需要有两个384孔循环测序反应板。反应使用Big Dye Terminator chemistry version 3.1和M13或标准引物进行，通过BiomekFX工作站进行混合操作，包括等分模板样本、加入反应液，其中包含双脱氧核苷酸、荧光标记的核苷酸、TaqDNA聚合酶、序列引物和缓冲液。模板和反应板都带有条形码，通过读取器确保转移准确无误。扩增反应在MJResearch Tetrads或Applied Biosystems 9700热循环仪中进行，反应产物通过异丙醇沉淀后，可在4℃保存或悬浮水中密闭保存。测序完成后，条形码扫描后会自动生成样品膜，进一步在ABIPrism 3700 DNA分析仪或Applied Biosystems 3730xiDNA分析仪上进行电泳分析。
高通量测序的自动化管理依赖于实验室信息管理系统(LIMS)，如TIGR的系统，它涵盖了从文库构建到测序全过程的样品跟踪。数据存储在Sybase关系数据库表格中，用户可以方便地追踪数据流，从已注释的基因追溯到原始测序数据。这个系统包括客户端/服务器应用软件，负责样品管理、数据输入、文库管理和序列处理等任务。经过多年的改进，结合新的实验室方法、仪器和软件，这个系统已经稳定并能高效地整合各种功能，如自动载体清除、重复元件识别、污染检测和克隆跟踪。
在测序流程中，通过用户友好的界面实时监控模板和序列的质量，以便及时发现并纠正问题。质量控制和评估团队负责执行质量标准，监测模板质量、调查偏差，监控数据质量，进行审计，制定改进措施，并创建标准操作步骤文件，确保文件的格式一致性和技术准确性。
扩展资料
高通量测序技术是对传统测序一次*性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。
