GEO数据分析——GO基因通路富集
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发布时间:2024-08-19 04:00
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时间:2024-08-22 11:55
在完成差异基因表达分析后,GEO数据分析的下一步是进行基因通路富集分析。这种分析方法旨在揭示基因表达数据中是否存在特定的生物通路或信号通路的显著聚集,通常依赖于KEGG或Gene Ontology (GO)等基因通路数据库。
GO功能富集分析是基于GO数据库进行的,该数据库通过比较调控过程中差异基因在细胞组分、分子功能和生物过程三个层次上的分布,来确定其是否显著聚集。在GO数据库中,基因被分类为细胞组成、分子功能和生物过程三大类别。
进行分析时,会对比给定基因集与整个基因组的基因分布,通过超几何分布或Fisher精确检验等统计方法,来评估特定功能类别中是否存在富集现象。在我们之前“差异基因表达分析”的数据基础上,我们会进行预处理并可视化结果以增强理解。
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