统计分析柱状图绘制GraphPad Prism 9
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发布时间：2024-10-02 11:04
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时间：2024-11-30 19:22
一、示例数据
尽管这与软件功能关系不大，但这个人性化的版块仍然值得提及。最新版本中，打开软件后，尽管界面与之前版本差别不大，但每种类型Graph下都提供了tutorial data set，即演示数据集。
如果需要绘制某一类数据图，可以先使用演示数据集了解数据结构和操作，这对学习软件有很大帮助，可以更快地上手。
二、自动添加差异分析显著性结果
以往，我们需要输入数据、分析结果、绘制图形，然后在图上画线、标记*号或p值来表示数据间的显著性。这样的操作需要不断在统计结果页面和画图页面切换，非常不便。
GraphPad Prism 9“人性化”地解决了这个问题。以下以一组数据绘制柱状图为例进行展示。
首先建立[data table]，选择[组]，输入数据，方法和之前版本相同！
点击菜单栏[Analysis-Analyze]，选择[One way ANOVA]进行统计学分析，接着点击[New graph]，选择需要呈现的图形进行绘制，如下图。
点击菜单栏[Draw]的黑色星号，然后点击图形需要添加的位置，即可直接添加。
线段的长短会根据图形间距自动设置，无需手动绘制。星号数目、形式等都可以自己选择，无需手动输入。
然而，这个操作还不是完全自动化。若要一键显示所有显著结果（一次性完成），可点击菜单栏[Draw]下的红色星号。
它会根据之前的分析结果，将每个组之间的比较结果添加到图形上。但这个图可能不太美观，需要自己进行细微调整。双击图上添加的星号，在弹出的对话框中调整添加线的颜色、粗细等，还可以选择显示p值。
若只想展示需要观察的组织间的对比，而忽略其他显著性，可点击[Comparisons on graph]，取消勾选不想显示的比较组，即可去除。
三、气泡图
虽然气泡图可能没什么好说的，但它的美观性确实值得称赞。关键在于如何使用它，用得恰当则能发挥更好的效果。
这里要提到的是GO或KEGG富集分析结果的可视化。最常见的是柱状图形式的，可能大家都看腻了。高分文章则在不断创新（展示技能），呈现出更美观的结果。
接下来，我们尝试使用气泡图进行展示。
首先，准备一个GO或KEGG分析的结果文档！
在Prism9中选择[Multiple variables]，导入数据。
点击[Create new graph]，选择气泡图，按自己要求设置坐标轴。这里我们将-LOG10（P）设置为x轴，Count设置为纵轴。用Count反映泡泡大小，GO term用不同的颜色显示，点击确定。
生成的图形如下：
若需调整图形，双击图片或圆圈，可以变换坐标轴、圈圈的颜色、大小等参数，达到目的即可！
