利用GWAS数据绘制曼哈顿图

发布网友发布时间：2024-10-04 21:37

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热心网友时间：2024-11-16 16:44

在进行遗传学研究时，利用GWAS数据绘制曼哈顿图是一项常见的数据分析手段。它不仅直观展示了大规模数据中的显著关联位点，还能快速定位目标基因或OTU，提供位置信息和显著性评估。通过R包"qqman"的简单操作，我们可以快速绘制出这种高级且内涵丰富的图形。

要创建曼哈顿图，首先需要安装和加载"qqman"包，然后利用内置的数据集gwasResults进行基础绘图，如`manhattan(gwasResults)`。要增强图的定制性，可以调整参数，如添加标题`manhattan(gwasResults, main="Manhattan Plot")`，设置Y轴范围`ylim=c(0,10)`，改变颜色`col=1:22`，甚至移除阈值线`suggestiveline=F`。例如，一个精细的图可以通过`manhattan(gwasResults, highlight=snpsOfInterest, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6, cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = F, genomewideline = F)`来呈现。

在完成基本图形后，根据发表需求进一步微调参数，确保图表的清晰和专业性。曼哈顿图的绘制是一个由主到次的过程，先突出关键信息，再添加其他细节。在你的科研文章中，选择最适合的参数调整，让你的曼哈顿图既有效又具有说服力。