R语言学习笔记(五)——曼哈顿图

发布网友发布时间：2024-10-04 21:37

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热心网友时间：2024-11-16 18:29

在生物领域，全基因组关联分析(GWAS)是揭示功能基因的重要工具。本期主要讨论两种R语言包，qqman和CMplot，用于绘制曼哈顿图，以展示GWAS结果。

1. GWAS简介

GWAS起源于人类疾病研究，随后扩展到动植物领域，至今已有16年历史。尽管许多关键基因已被发现，但每年仍有许多高影响力的研究。随着多组学技术的发展，GWAS的潜力可能进一步扩大。

qqman包的使用简单，通过自带示例数据展示。它以SNP标记、染色体、位置和p值为数据，绘制出清晰的曼哈顿图，如3号染色体上的显著峰，以及理想的qq图，显示出显著的关联关系。

CMplot包功能更为丰富，它能绘制SNP密度图、曼哈顿图和qq图。不仅支持单性状，还能通过环形曼哈顿图同时展示多个性状。如pig60K示例，展示了多性状的环形曼哈顿图的优势。

qqman适合初学者，功能单一，而CMplot则适合需要更多定制选项和多性状展示的用户。推荐使用CMplot进行GWAS结果的可视化。继续关注我们的系列文章，了解更多R语言学习内容。