rnaseq做snp检测的时候,为什么会检测到基因间区域的

发布网友发布时间：2022-05-08 21:36

共3个回答

热心网友时间：2023-10-17 15:57

样品制备过程不纯

用的算法不可靠。目前常用的算法，例如Bowtie, BWA，错误率都比较高，大概3%的错误mapping率。更有甚者Novoalign等算法错误率可高达百分之十几。用超高精度比对算法如FANSe/FANSe2会好得多，但对短reads仍然不可能做到100%正确，错误率可以控制在在1%以下。

测序仪操作不好，测序质量差。注意Illumina的测序仪会谎报Phred quality，故意报高让你以为质量很好。

有基因发生重排的现象。

某些长链非编码RNA(lncRNA)也带有polyA尾巴，在RNA-seq时也会被测序到。

热心网友时间：2023-10-17 15:58

因为reads会比对到基因间啊
可能是lnc，也可能没有降解的DNA，当然也可能是比对错误--譬如比对到假基因上去了。

热心网友时间：2023-10-17 15:58

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