DNA分子标记主要有哪几类(至少写出4类)?它们各自的特点是什么?
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发布时间:2022-05-21 07:16
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时间:2023-10-18 15:53
RFLP、VNTR、RAPD、DAF、AP-PCR、ISSR、SSR、SCAR、STS、AFLP、SNP、InDel、CAPS、dCAPS、SRAP、EST
1 RFLP
该技术由Grodzicker等于1974年创立特定生物类型的基因组DNA经某一种*性内切酶完全酶解后,会产生分子量不同的同源等位片段,或称*性等位片段RFLP标记技术的基本原理就是通过电泳的方法分离和检测这些片段凡是可以引起酶解位点变异的突变,如点突变(新产生和去除酶切位点)和一段DNA的重新组织(如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化)等均可导致*性等位片段的变化,从而产生RFLP该技术包括以下基本步骤:DNA提取;用DNA*性内切酶消化;凝胶电泳分离*性片段;将这些片段按原来的顺序和位置转移到易操作的滤膜上;用放射性同位素或非放射性物质标记的DNA作探针与膜上的DNA杂交(称 Southern杂交);放射性自显影或酶学检测显示出不同材料对该探针的*性酶切片段多态性
RFLP标记的主要特点有:(1)遍布于整个基因组,数量几乎是无限的;(2)无表型效应,不受发育阶段及器官特异性*;(3)共显性,可区分纯合子和杂合子;(4)结果稳定可靠;(5)DNA需要量大,检测技术繁杂,难以用于大规模的育种实践中
2 RAPD
由Williams等于1990年创立其基本原理与PCR技术一致
PCR技术是一种体外快速扩增特异基因或DNA序列的方法,由Mullis等于1985年首创该技术在试管中建立反应体系,经数小时后,就能将极微量的目的基因或某一特定的DN*段扩增数百万倍其原理与细胞内发生的DNA复制过程相类似,首先是双链DNA分子在邻近沸点的温度下加热时便分离成两条单链DNA分子,然后DNA聚合酶以单链DNA为模板,并利用反应混合物中的四种脱氧核苷三磷酸(dNTPs)合成新生的DNA互补链,以上过程为一个循环,每一个循环的产物可以作为下一个循环的模板,经过20-30个循环后,介于两个引物间的特异DN*段以几何数得以大量复制
RAPD标记技术就是用一个(有时用两个)随机引物(一般8-10个碱基)非定点地扩增基因组DNA,然后用凝胶电泳分开扩增片段遗传材料的基因组DNA如果在特定引物结合区域发生DN*段插入缺失或碱基突变,就有可能导致引物结合位点的分布发生相应的变化,导致PCR产物增加缺少或发生分子量变化若PCR产物增加或缺少,则产生RAPD标记
RAPD标记的主要特点有:(1)不需DNA探针,设计引物也无须知道序列信息;(2)显性遗传(极少数共显性),不能鉴别杂合子和纯合子;(3)技术简便,不涉及分子杂交和放射性自显影等技术;(4)DNA样品需要量少,引物价格便宜,成本较低;(5)实验重复性较差,结果可靠性较低
3 AFLP
由Zabeau和Vos于1993年发明AFLP标记是选择性扩增基因组DNA酶切片段所产生的扩增产物的多态性,其实质也是显示*性内切酶酶切片段的长度多态性,只不过这种多态性是以扩增片段的长度不同被检测出来该技术结合了RFLP的稳定性和PCR技术的简便高效性,同时又能克服RFLP带型少信息量小以及RAPD技术不稳定的缺点其基本技术原理和操作步骤如下:首先用*性内切酶酶解基因组DNA,形成许多大小不等的随机*性片段;接着在这些片段的两端连接上特定的寡聚核苷酸接头(Oligo nuleotide adapter);然后根据接头序列设计引物,由于*性片段太多,全部扩增则产物难以在胶上分开,为此在引物的3端加入1-3个选择性碱基,这样只有那些能与选择性碱基配对的片段才能与引物结合,成为模板被扩增,从而达到对*性片段进行选择扩增的目的;最后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,将这些特异性的扩增产物分离开来
AFLP标记的主要特点有:(1)由于AFLP分析可以采用的*性内切酶及选择性碱基种类数目很多,所以该技术所产生的标记数目是无限多的;(2)典型的AFLP分析,每次反应产物的谱带在50-100条之间,所以一次分析可以同时检测到多个座位,且多态性极高;(3)表现共显性,呈典型孟德尔式遗传;(4)分辩率高,结果可靠;(5)目前该技术受专利保护,用于分析的试剂盒昂贵,实验条件要求较高
4 SSR(SSLP)
由Moore等于1991年创立SSR即微卫星DNA,是一类由几个(多为1-5个)碱基组成的基序(motif)串联重复而成的DNA序列,其长度一般较短,广泛分布于基因组的不同位置,如(CA)n(AT)n(GGC)n等重复不同遗传材料重复次数的可变性,导致了SSR长度的高度变异性,这一变异性正是SSR标记产生的基础尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置,但其两端序列多是保守的单拷贝序列,因此可以根据这两端的序列设计一对特异引物,通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来,利用电泳分析技术就可获得其长度多态性,即SSR标记
SSR标记的主要特点有:(1)数量丰富,广泛分布于整个基因组;(2)具有较多的等位性变异;(3)共显性标记,可鉴别出杂合子和纯合子;(4)实验重复性好,结果可靠;(5)由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息,因此其开发有一定困难,费用也较高。
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DNA分子标记的种类有哪些,各有何特点
RAPD标记的主要特点有:(1)不需DNA探针,设计引物也无须知道序列信息;(2)显性遗传(极少数共显性),不能鉴别杂合子和纯合子;(3)技术简便,不涉及分子杂交和放射性自显影等技术;(4)DNA样品需要量少,引物价格便宜,成本较低;(5)实验重复性较差,结果可靠性较低 3 AFLP :由Zabeau和Vos于...
DNA分子标记主要有哪几类
第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术, 包括:(1) 限制性片段长度多态性标记(Restriction fragment length polymorphism, 简称 RFLP 标记); (2) DNA 指纹技术(DNA Fingerprinting); (3) 原位杂交(in situ hybridization) 等;第二类是以 PCR 反应为核心的分子标记技术, 包括:(1) ...
根据所用的分子技术将DNA标记分为哪几类?
第四类是单核苷酸多态性标记(SingleNucleotidePolymorphism,SNP),也被称为第三代分子标记SNP也是以PCR技术为基础的分子标记单核苷酸多态性反映基因组中单个碱基的变化,是基因组中最普遍频率最高的遗传标记不同个体间在基因水平上的单核苷酸变异,平均每1000对碱基出现一个SNP,单个SNP虽然只有两个等位基因...
什么是DNA分子标记
分子标记是生物遗传标记的一种.通过引物设计的不同,用PCR的方法在生物的基因组DNA上扩增出相关条带,通过电泳、软件识别、分析,可用作生物遗传信息的研究. 分子标记种类有很多,第一代分子标记以RFLP为代表,是基于酶切位点的多态性开发的分子标记. 第二代分子标记以SSR为代表,是基于简单重复序列的多态性...
第一代 第二代 第三代分子标记各有什么特点
分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种较为理想的遗传标记形式,它以蛋白质、核酸分子的突变为基础,检测生物遗传结构与其变异。分子标记技术从本质上讲,都是以检测生物个体在基因或基因型上所产生的变异来反映生物个体之间的差异。每一种分子标记都有其自身的特点和特定的应用范围,但就一般意义而...
常见植物DNA分子标记有哪几类?
【答案】:①限制性片段长度多态性标记RFLP;②随机扩增多态DNA标记RAPD;③扩增片段长度多态性标记AFLP;④简单序列重复长度多态性标记SSR;⑤序列特征扩增多态性标记SCAR。
DNA分子标记技术有哪几类
3 PCR 方法进行标记(Taq DNA Polymerase,/Pwo DNA Polymerase or Expand),这个常见了,特点就是高特异性,小片段能有很好的标记效果,一个两个碱基都可以检测,就是设计引物非常麻烦,可已查到很多相关文献。4 寡核苷酸3´-标记或用末端转移酶加尾标记DNA,这个是在探针3'端形成一个尾巴,可以...
为什么DNA分子标记是一种较为理想的遗传标记类型?
目前,DNA分子标记主要可以分为以下几大类,即限制性片段长度多态性、随机扩增多态性DNA、扩增片段长度多态性、微卫星或称为简单序列重复、单核苷酸多态性。每种DNA分子标记均有其内在的优缺点,它们的应用随不同的具体情形而异。在遗传多样性研究方面,应用DNA分子标记技术的报道已不胜枚举。
什么是分子标记?
1.1 第一代分子标记 1.1.1 RFLP标记技术 RFLP(限制性片段长度多态性)是一种早期的分子标记技术,由Botstein等人在1980年提出。它通过检测DNA在限制性内切酶酶切后的特定DNA片段大小,反映DNA分子上不同酶切位点的分布情况。RFLP标记的等位基因具有共显性特点,结果稳定可靠,重复性好,特别适用于构建...
什么是DNA分子标记指纹图谱鉴定?
DNA分子标记指纹图谱鉴定是根据任何一个品种,都具有该品种所特有的细胞遗传学上的特征,利用分子标记技术,如限制性片段长度多态性(简称RFLP)、随机扩增多态性DNA(简称RAPD)、小卫星DNA、微卫星DNA、扩增片段长度多态性(简称AFLP)等技术,可以直接反应不同品种在DNA水平上的差异,借此来鉴别不同品种,...