windows 中 mothur怎么安装
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发布时间：2022-04-26 22:26
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热心网友
时间：2022-06-19 00:14
还有两个，sffinfo和pipeline.pds，在处理sff文件时会用上。
其中sffinfo就能将sff文件转化为fasta格式的文件，fasta是mothur处理的文件中最常见的格式。
由于最近我要处理一个sff文件，所以特别关注了与sff有关的命令，呵呵。
Hcluster
这个命令可以用来给OTUs分配序列，并输出一个.list, .rabund, .sabund和.sorted.dist文件。它不会像cluster命令那样把距离矩阵（distance matrix）保存在RAM(随机存储器)中，允许大距离文件被处理。Hcluster对小文件的处理比cluster要慢，但在大文件上更有竞争力。目前，hcluster实行4种成簇方式：
1.最近相邻：一个OTU内的每个序列与OTU中最相似的序列有最多X%的距离。
2.最远相邻：一个OTU内的所有序列与OTU内的其它序列有最多X%的距离。
3.平均相邻：这个方法介于其他两种方法之间的水平
4.重量相邻：
Heatmap.bin
这个命令从一个*.list或*.shared文件提供的数据生成一个heat map。heatmap中的每一行呈现一个不同的OTU，每个组中的OTU的颜色根据那个组内那个OTU的丰富度在黑与红之间形成成比例。这个命令会生成一个SVG文件（图片格式），它可以在GIMP或Adobe Illustrator中被进一步修改。有一些选项用于为每个采取不同方法的OTU相对丰度按比例绘制或排列。
Heatmap.sim
这个命令将会产生一个表明多个样本之间成对相似性的heatmap，采用了多个对比群落成员和结构的calculators（http://www.mothur.org/wiki/Calculators）
Help
help命令将会输出mothur中有效命令的表单。或者，如果你想要针对一个特定命令的帮助信息，用help作为选项，比如 mothur > read.list(help)，就会输出read.list的帮助信息。
Homova
分子方差的同质性（Homogeneity of molecular variance）是一个为方差同质的Bartlett's test的非参数模拟，这已经被用于种群遗传学，检测以下假设：两个或多个种群的基因多样性是同类的或同质的（Stewart and Excoffier，1996）;这个测试还没有用于微生物生态学文献。
Indicator
这个命令可以三种方式运行：
1.用一个shared或relabund文件和一个design文件
2.用一个shared或relabund文件和一个tree文件
3.用一个shared或relabund，tree文件和design文件
Indicator命令输出一个.indicator.summary文件和一个.indicator.tre文件，如果给了一个tree。新的tree在每个内部的节点包含了标签。标签是节点号码，所以你可以把tree关联到summary文件。Summary文件为每个OTU的每个节点列出了indicator的值。
Libshuff
这个命令像以前在s-libshuff和libshuff程序中那样实施libshuff方法。libshuff法是一个描述两个或更多群落是否拥有相同结构的通用测试，采用Cramer-von Mises检测统计。这个检测统计值的显著性表明了群落（偶然）拥有同样结构的可能性。因为每个成对的对比需要两个显著测试，所以为多个对比进行一个矫正（比如Bonferroni's correction）。
