求助一下,帮写一段perl 脚本。

发布网友发布时间：2022-04-25 15:50

共3个回答

热心网友时间：2023-10-14 16:48

这是我模拟的简单文件

# 统计每个位点每个碱基出现的频率
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

@ARGV==2 or die;
my($inflie,$outfile)=@ARGV;

open my $in ,'<',$inflie or die;
open my $out ,'>',$outfile or die;
while(<$in>)
{
my ($num,$posd)=(split/\t/,$_)[0,1];
my $len=length($posd);
my $A = $posd=~s/A/A/g ;
my $T = $posd=~s/T/T/g ;
my $G = $posd=~s/G/G/g ;
my $C = $posd=~s/C/C/g ;

my $percentA= $A/$len;
my $percentT= $T/$len;
my $percentG= $G/$len;
my $percentC= $C/$len;

print "$A\t$T\t$G\t$C\n";
print $out "$num\tA:$percentA\tT:$percentT\tG:percentG\tC:percentC\n";
}
close $in;
close $out;

下面是输出结果，不知道是不是你想要的结果

追问你好！谢谢你的回答。但是貌似和我想的不太一样。按照你的模拟序列：
所有序列的第一位：A3，T0，C0，G1。
所有序列的第二位：A1，T2，C1，G0。
所有序列的第三位：A2，T1，G1，C0。
所有序列的第四位：A1，T2，C1，G0。
。
。
。
。
。
（如果序列长500bp，那就输出500个位点上每种核苷酸的组成）
我想得到的是每个位点上的碱基组成。

追答那就是我理解错了，我以为的位点是整个碱基排列记录，就是一个点的碱基信息，然后统计这条记录里每种碱基出现的比率。而你想统计，所有序列的每个位置出现四种碱基的次数的统计结果，是吧，我考虑一下，有办法解决了，我就写下来。

热心网友时间：2023-10-14 16:49

涉及专业知识，热心的网友不大明白问题哦~~
统计出现的频率，应该不难。遍历一下，用HASH记录结果

热心网友时间：2023-10-14 16:49

表示题目看不懂！追问　　字数总是超出范围
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