如何在Ensembl数据库里找到一个基因的mRNA序列

打开http://www.ensembl.org/index.html，主页右上角显示 Search all Ensembl：选gene，输入要查找的基因名称。Go!页面左侧species, homo species-gene!然后选左侧的Export sequence as FASTA That's OK1！参考资料：http://jiangwlh.spaces.live.com/blog/cns!f7700d11a7298e69!120.entry ...

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打开Pubmed后，在最顶上的下拉框中选中nucleotide, 然后输入基因的名称，这样查出来的一般是mRNA序列 如果在下拉框中选Gene，则查出来的一般是该基因的其他信息。注意，结果一般会有好多，选中你要的种属。

Acembly程序试图找到mRNA与基因组序列的最好的比对排列以及判断选择性剪接模型。假如有多于1个的基因模型具有统计学意义，则它们都全部显示出来。有关Acembly的更多信息可以在NCBI的网站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。Ensembl Gene Predictions路径由Ensembl提供。Ensembl基因通过许...

在基因的间接识别法（Extrinsic Approach）中，人们利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段。由给定的mRNA序列确定唯一的作为转录源的DNA序列；而由给定的蛋白质序列，也可以由密码子反转确定一族可能的DNA序列。因此，在线索的提示下搜寻工作相对较为容易，搜寻算法的关键在于提高效率，...

4.接下来我们进入Splign的online界面，你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比，要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，一般常用的生物都在。5.结果一目了然，10个外显子，而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列，并且还可以知道某个外显子在mRNA序列...

3、PhosphoSitePlus数据库 PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在...

最好不要敲除有起始密码子ATG的外显子.否则的话,基因可能会利用ORF内的ATG编码一个缺少部分N端序列的蛋白,这个蛋白很可能有全部或部分野生蛋白的功能.在选择要敲除的外显子的时候(各放一个LoxP在一个外显子的两侧),该外显子的碱基数目不能是3N,否则新基因pre-RNA拼接得到的mRNA不能产生移码突变....

二、转录组学 转录组学是研究基因转录过程的全面性和动态性的学科。生物信息学在转录组学中的应用主要是通过分析RNA序列数据，揭示基因表达模式、剪接异构体和转录因子的调控等信息。RNA测序和分析RNA测序（RNA-Seq）是一种高通量的方法，可以检测和量化细胞内所有的RNA分子，包括mRNA、miRNA和lncRNA等。

基因敲除就是通过同源重组将外源基因定点整合入靶细胞基因组上某一确定的位点，以达到定点修饰改造染色体上某一基因的目的的一种技术。它克服了随机整合的盲目性和偶然性，是一种理想的修饰、改造生物遗传物质的方法。有关基因敲除实验鼠的信息可以咨询赛业生物，赛业生物已服务全球数万名科学家，产品和技术...

已经过人工校对）UniProtKB -TrEMBL（无人工校对）EBI-IntAct 分子之间相互作用 EBI-Clustal Omega 多序列比对 EBI-InterProScan 输入一个序列，看是否包含目前已经知道功能的蛋白的区域 3 UCSC简介 以基因组为坐标。包含很多的track，包括：SNP，mRNA，剪切的EST，没剪切的EST，高通量的，通过Chi ...