有关Pubmed 的问题..
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发布时间：2022-04-25 23:13
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时间：2022-06-18 14:26
PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。
PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物 学数据，序列中心的数据等等。
PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。
问题（2.3.4.5）：（二）PubMed的使用
下面将举例说明查询的主体部分，也就是页面上部的使用方法。
假如我们这次的工作是查找与牙鲆（Japanese flounder）免疫（immunity）有关的文献。
在对话框中输入查询词Japanese flounder and Immunity，然后单击“go”按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。你可以随时向查询框输入查询词，点击“go”按钮开始新的查询。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。在查询框前search提示后有一个下拉式菜单，你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。
作者姓名请按照英文“姓+名”的格式如：Freedman DJ 输入，“名”可以不输；
检索期刊时可以输入期刊全名， MEDLINE 规定的缩写名或输入 ISSN 序号(详细信息见期刊浏览)。
下面我们将详细介绍查询结果屏幕。
显示选项（Display Option）：在Display后面有一个下拉式菜单，在这里可以选择各种显示选项。
1. 简要格式（Summary）：在缺省设置下PubMed采用这种显示格式，它所显示的内容包括以下几项：
作者：纪录中的所有作者都奖杯显示出来。
相关：列出相关内容，如文章、蛋白质、核苷酸等（列出的文章不以摘要格式显示）。
文章题目：英语以外的语种的题目将被翻译成英语，并且加上括号。
来源：提供文献所在期刊名的缩写，出版时间，卷，页数，也包括语种（针对非英语文献），出版类型。
没有摘要的文献将显示“No abstract avilaible”
标识数字：提供PubMed标示（PMID）与MEDLINE唯一标识（UI）。
2. 简报格式（ Brief）显示的条目内容包括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed唯一标识。
3. 摘要格式（Abstract）将会显示以下几项内容：文献题目、作者、第一作者单位（地址）、期刊来源（期刊名简写、出版日期、卷、页数）、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
4. 图例格式（Legend）：显示文献出处、名称、作者、第一作者单位（地址）、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
5. 引证格式（Citation）提供如下信息：文献出处、文献题目、作者、第一作者单位（地址）、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH词、人名作为主题、（如果存在）化学物质、（如果存在）巨大数字、PubMed与MEDLINE的唯一标识。
6. MEDLINE格式（MEDLINE） 用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的内容，使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序。
查询概要（Retrieval Summary）：查询概要显示了查到所有条目的数量，以及需要多少页来显示，缺省情况下20条/页。
Show：后面的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。
Page选择页数：PubMed根据你的选择而显示不同页的内容，所选中的页数以红色显示，单击〉〉或〈〈显示其他页码。
详细内容（Details）：单击Details按钮可以显示你正在进行的查询方案，包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射；错误信息，比如禁用词、截断警告、错误拼写等；在编辑框中可以编辑一个新的查询方案，然后重新提交；在这里还可以保存查询方案。你可以在Details的对话框中修改查询方案，然后点击“Search”按钮进行新的查询。
Result下的数字是查询结果，并且可以链接到现今的查询结果。
保存（Save）功能是保存查询到的条目。如须保存所有的查询结果，先在Display下的下拉菜单中选择所需显示格式，单级“Save”按钮。如果要保存特定的条目，现在条目前的复选框选中，点击“Save”按钮。
特征栏可以选择一些其他的功能
Limit 单击特征栏上的Limit显示Limit页，这里你可以设定：
1. 将搜索范围设定在一个特定的域。
2. 将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。
3. 也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型（如综述）。
4. 设定只搜索包含摘要的文献。
5. 设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。
6. 设定搜索范围为PubMed数据库的某一子数据库（如Abridged Index Medicus 或AIDS相关的条目）。
问题（6）介绍
理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
