如何用pymol做动画
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发布时间：2022-04-30 04:25
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热心网友
时间：2023-10-12 13:25
需要准备的工作：找到合适的目标蛋白：具有两个不同的构像结构的蛋白，序列最好相同Google下载morph_dist.inp这个文件下载安装Yale University提供的Crystallography&NMR System这个软件[2]，建议在linux系统里安装下载安装pymol软件[3]Window movie maker 或者其他任何可以利用图片生成动画的软件具体操作：用pymol将两个蛋白align在一起保存（右边控制栏Aalignto molecule--），align之后保存文件（save molecule as）将morph_dist.inp这个文件保存到与两个蛋白pdb文件相同的路径下，用文本编辑器打开，将其中的initial pdb和final pdb改成自己的两个pdb文件名。即分别为初始状态和最终状态。例如，自己保存的两个蛋白为A.pdb和B.pdb，则改成：initial="A.pdb";final="B.pdb";3. 在安装有CNS软件的linux机器上打开terminal，进入到文件保存的路径（cd 命令进入路径），输入cns，回车4. 输入 @morph_dist.inp 命令，软件就会自己开始计算中间态pdb了，默认生成的是20个pdb。名字为frame*.pdb5. 运行结束后输入以下几行命令：mv frame0.pdb frame00.pdbmv frame1.pdb frame01.pdbmv frame2.pdb frame02.pdbmv frame3.pdb frame03.pdbmv frame4.pdb frame04.pdbmv frame5.pdb frame05.pdbmv frame6.pdb frame06.pdbmv frame7.pdb frame07.pdbmv frame8.pdb frame08.pdbmv frame9.pdb frame09.pdbls frame*pdb |awk '{print ("load",$0",mov,"NR) }' load_overall.pml其作用是使名字格式统一，并将所有pdb整合到一个文件当中，即load_overall.pml6. 这时候才用到pymol。打开pymol，在命令栏中输入 @ load_overall.pml， 这时候就能看到结构了。不过看到的不是20个结构，二十20个中的第一个，右边有显示1/20的字样。
热心网友
时间：2023-10-12 13:25
需要准备的工作：找到合适的目标蛋白：具有两个不同的构像结构的蛋白，序列最好相同Google下载morph_dist.inp这个文件下载安装Yale University提供的Crystallography&NMR System这个软件[2]，建议在linux系统里安装下载安装pymol软件[3]Window movie maker 或者其他任何可以利用图片生成动画的软件具体操作：用pymol将两个蛋白align在一起保存（右边控制栏Aalignto molecule--），align之后保存文件（save molecule as）将morph_dist.inp这个文件保存到与两个蛋白pdb文件相同的路径下，用文本编辑器打开，将其中的initial pdb和final pdb改成自己的两个pdb文件名。即分别为初始状态和最终状态。例如，自己保存的两个蛋白为A.pdb和B.pdb，则改成：initial="A.pdb";final="B.pdb";3. 在安装有CNS软件的linux机器上打开terminal，进入到文件保存的路径（cd 命令进入路径），输入cns，回车4. 输入 @morph_dist.inp 命令，软件就会自己开始计算中间态pdb了，默认生成的是20个pdb。名字为frame*.pdb5. 运行结束后输入以下几行命令：mv frame0.pdb frame00.pdbmv frame1.pdb frame01.pdbmv frame2.pdb frame02.pdbmv frame3.pdb frame03.pdbmv frame4.pdb frame04.pdbmv frame5.pdb frame05.pdbmv frame6.pdb frame06.pdbmv frame7.pdb frame07.pdbmv frame8.pdb frame08.pdbmv frame9.pdb frame09.pdbls frame*pdb |awk '{print ("load",$0",mov,"NR) }' load_overall.pml其作用是使名字格式统一，并将所有pdb整合到一个文件当中，即load_overall.pml6. 这时候才用到pymol。打开pymol，在命令栏中输入 @ load_overall.pml， 这时候就能看到结构了。不过看到的不是20个结构，二十20个中的第一个，右边有显示1/20的字样。
