【群体结构】Network分析
发布网友
发布时间:2023-02-03 22:46
我来回答
共1个回答
热心网友
时间:2023-10-03 08:48
目前小Q接触Network分析,有以下几种使用环境:
1)输入文件
我较为常用的RDF(Roehl Data File)文件,以此为例:
示例: 2个单倍型,5个碱基长度
讲解:
1.1) 第1行
;1.0前面的2个空格必须要有,别问原因,问小Q也不知道,就知道不加就出错,哈哈
1.2)第2行
碱基(突变)位置,随意数字都可以,建议用基因组上的真实位置,这样后续分析可知道单倍型之间相差是哪些位置的碱基。
1.3)第3行
每个碱基的权重,一般这里我不做修改,默认都是10,关于如何修改这个值,感兴趣的伙伴可以看下官方说明。
1.4)第4行-第5行
第1个单倍型的名称和碱基序列