生信软件BUSCO安装

发布网友发布时间：2022-12-16 20:28

共1个回答

热心网友时间：2024-12-12 23:26

现在得到一个文昌鱼组装基因组。我希望看看它的质量如何，也就是找组装基因组是否包含许多完整基因、以及N50序列是否达标等问题。

我看到网上教程都是自己去搞配置，设置环境变量，但是conda安装难道不香吗？BUSCO官网也给出了conda安装的方法：(最好是重新创造个python=3.8的conda环境）

conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3

安装好之后，输入busco

emm这是“biopython”出了问题了啊。然后我到上面提到的那个网址搜了一下，发现果然是conda安装的有问题。

这时，只要把biopython从1.78降到1.77就可以了

命令：conda install -y -c conda-forge biopython=1.77 就可以覆盖安装了，而且神奇的是安装完就可以使用了，输入 busco -h 不会报错。

注：本来想用cegma那个软件，但好像六年前就停止运营了……（bilibili上看的教学视频太久远了）

如果你也遇到了同样的问题，应该会有帮助，不过过一段时间应该就修复这个bug了。

2020 09 15 补充：

这样即使安装上了，也不能使用，会报错。博主又尝试了安装busco 4.0.2的版本，和augustus 3.3.3 版本，发现可以使用。（还是需要biopython = 1.77）

注意这个软件只是看测序质量怎么样，虽然调用了augustus，但是它生成的文件比较乱，想要做从头基因注释，还是再用一次augustus吧！

生信软件BUSCO安装

conda install -y -c bioconda busco=4.1.2 augustus=3.3.3 安装好之后，输入busco emm这是“biopython”出了问题了啊。然后我到上面提到的那个网址搜了一下，发现果然是conda安装的有问题。这时，只要把biopython从1.78降到1.77就可以了命令：conda install -y -c conda-forge ...

Busco:评估基因组组装质量

Busco评估是一种用于衡量基因组组装质量的方法，它基于busco数据库中物种的单拷贝基因进行评估。为了进行Busco评估，首先需要下载并安装Busco软件及其数据库。选择数据库时，可以通过访问 /v5/data/lineages/ 下载所需的数据库，例如 micrococcales_odb10.2024-01-08.tar.gz。推荐使用conda环境管理工具进行安...

生物信息:BUSCO进行完整性分析的问题?

深入探讨：BUSCO在生物信息学中的完整性评估魔法在生物信息学的广阔领域中，BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）扮演着至关重要的角色，它如同一个精密的测度工具，帮助科学家们评估基因组的完整性。让我们一起揭开BUSCO神秘的面纱，看看它是如何通过巧妙的策略来衡量基因组的完整性，以及...

生信大神李恒综述:T2T时代的基因组组装

现代长读长组装基于图论，如overlap graph或de Bruijn graph，理想情况下所有信息保留在读取中，无冗余。组装评估包括基本指标如组装大小、contig长度综合、N50等，以及基因完整性评估工具如BUSCO、minimap2“asmgene”工具、K-mer评估等。在讨论部分，李恒指出overlap-based和DBG两种算法组装、HiC数据及组装软...

安装连信聊天交友的软件 iso未信任软件安装安装连信安全吗连信官方安全下载安装生信分析软件下载连信app安装得信app下载安装有信是什么软件最新版连信下载安装