maf2vcf maf与vcf格式之间的转换

利用vcf2maf【2】 进行maf和vcf之间的转换。1、maf转成vcf文件 参考文献：【1】maf格式说明： https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg 【2】 vcf2maf： https://github.com/mskcc/vcf2maf ～～～外完待续～～～...

"1.当然可以，首先要确定自己有一个pdf文档，而且确定目的是需要将pdf文档转换为word格式，然后我们将现有文档通过迅捷pdf转换器软件打开。2.通过选择PDF转换页面功能其中的PDF文件转WORD项目拖入文件。3.接着在迅捷pdf转换器下方按自己的需要是否更改文件名，然而在保存类型中选择*.doc选项。4.全部设置完成点击开始转换，确定自己设置好路径、更改文件名和保存类型即可。5.转换完成之后的word文档同样可以通过迅捷pdf转换器重新转换成一开始的pdf文档。"1.当然可以，首先要确定自己有一个pdf文档，而且确定目的是需要将pdf文档转换为word格式，然后我们将现有文档通过迅捷pdf转换器软件打开。2.通过选择PDF转换页面功能其中的PDF文件转WORD项目拖入文件。3.接着在迅捷pdf转换器下方按自己的需要是...

假设已经安装了VEP软件，对自己的vcf进行了注释，然后就可以进行转换：https://github.com/mskcc/vcf2maf 安装GitHub上面的小工具 cd~/biosoft/vcf2maf/ exportVCF2MAF_URL=`curl -sL https://api.github.com/repos/mskcc/vcf2maf/releases | grep -m1 tarball_url | cut -d\" -f4`curl-L-...

② VCF到MAF转换：SnpEff注释后需配合snpeffToMaf.pl，但不同工具生成的FORMAT列格式各异。例如，HaplotypeCaller与Mutect2的输出格式不同，影响了MAF转换的准确性。4. GATK Funcotator示例 GATK Funcotator可注释VCF并自动输出MAF格式，如使用rush并行计算代码：MAF格式示例：列名包括Hugo_Symbol、Protein...

由体细胞变体组成的结果数据以MAF格式形式存储。 只要数据采用MAF格式，该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件.使用前要先将文件转换为maf格式,对于VCF格式文件，可以使用 vcf2maf 进行格式转换.maf文件包含的内容：注： 安装过程特别麻烦，按了好几天，R版本要求...

猜想：可能是 vcf2maf 调用 vep 前，如果检测到同目录下有 vcf 文件对应的 vep.vcf 文件，就认为已经完成 vep 注释过程， vcf2maf 会直接从 vep.vcf 文件转成 maf 文件。起初被中断的5个样本，并没有完成相应的 vep 注释就直接进入 生成maf 过程，从而出现一开始描述的问题。解决方法: 及时把...

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，功能非常强大，而且运算速度也很快。http://vcftools.sourceforge.net/downloads.html 进入压缩包目录，进行解压。检查安装是否成功 add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本，这里不好直接放上来，所以需要添加id...

分析完成后，用户可直接在侧边栏进行下游分析，无需重新上传文件。点击【突变信息摘要图】分析，系统将使用上传的文件生成结果图。此外，用户可继续进行其他拓展分析，详情请关注后续内容。参考资料与附录 在分析过程中，用户可参考Bioconductor组织的相关资源。生成MAF文件的方法多样，如使用vcf2maf实用程序或...

bed/bim/fam转vcf:输入：xx.bed, xx.bim, xx.fam 输出：xx.vcf 通过：--recode 'vcf'等修饰符生成压缩或未压缩的vcf文件。对于特定的牛津格式（如bgen）与PLINK格式的转换，例如bgen转bed/bim/fam:--maf 0.05用于过滤低频变异。plink二进制文件转bgen格式，根据bgen版本不同，可能需要.bgen和....

VAF，全称为Variant Allele Frequency，是生物信息学中衡量基因组变异频率的关键参数。它定义为在某个基因座上，支持突变或替代碱基的reads覆盖深度占总覆盖深度的比例。在VCF文件中，我们通过DP（Total Depth，总覆盖深度）和AD（Allele Depth，变异等位基因深度）来计算VAF，公式为：VAF = Allele Depth /...

--vcf 指定输入的文件为vcf格式，如果是bed格式文件，使用--bfile接文件前缀，如果数据是ped 、map格式，使用 --map接.map文件，--ped接.ped文件 --allow-no-sex 表示允许没有性别信息 --maf 指定maf阈值 --geno 指定缺失率阈值，与我们的完整度意思相反，0.2对应的完整度为0.8 --r2表示计算...