IGV基因组浏览器打开BAM文件查看reads比对情况
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发布时间：2022-12-29 11:30
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时间：2023-10-26 09:50
输入文件有：物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件；
以斑胸草雀为例：
-基因组注释文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf
-基因组序列文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna
-转录本比对文件: myBAMfile.bam
文件内容一览：
samtools view myBAMfile.bam | less -S 查看BAM文件内容
如果要查看所有转录本的比对情况基本是不现实的（一般上百G），受限于电脑性能无法加载这么大的bam文件，所以查看reads的比对情况一般通过提取出map到基因组的其中一个Scaffold的所有reads的bam文件。
示例从BAM文件提取斑胸草雀转录本比对到Scaffold NC_007897.1的所有reads
打开IGV浏览器，首先载入基因组文件，点击Genomes选择加载本地基因组，导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna文件
然后选择File点击Load from file选择加载本地gtf文件，导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf
加载BAM文件
