发布网友 发布时间:2022-12-29 11:30
共1个回答
热心网友 时间:2023-10-26 09:50
输入文件有:物种基因组序列文件、物种基因组注释文件、转录本比对后的BAM文件;
以斑胸草雀为例:
-基因组注释文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf
-基因组序列文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna
-转录本比对文件: myBAMfile.bam
文件内容一览:
samtools view myBAMfile.bam | less -S 查看BAM文件内容
如果要查看所有转录本的比对情况基本是不现实的(一般上百G),受限于电脑性能无法加载这么大的bam文件,所以查看reads的比对情况一般通过提取出map到基因组的其中一个Scaffold的所有reads的bam文件。
示例从BAM文件提取斑胸草雀转录本比对到Scaffold NC_007897.1的所有reads
打开IGV浏览器,首先载入基因组文件,点击Genomes选择加载本地基因组,导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.fna文件
然后选择File点击Load from file选择加载本地gtf文件,导入GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri_genomic.gtf
加载BAM文件