materialstudio怎么整体移动到某个点
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发布时间:2023-01-20 16:10
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时间:2024-02-21 04:34
背景:在设置初始结构时,将碎片或原子移动和放置在特定位置的能力很重要。例如,能够将分子准确地放置在沸石通道的中心或与表面的特定距离处,可以轻松快速地建立复杂的系统。
Materials Visualizer 有一组工具,可使用工具栏访问3D Movement,旨在帮助完成这些任务。有一些工具可以按特定量平移和旋转选定的原子,还有一些工具可以让您将整个片段移动到几何中心或对齐对象。 Materials Visualizer 中提供了一系列几何对象,包括质心、最佳拟合线和平面以及主轴,使您能够执行许多不同类型的对齐。
简介:在本教程中,您将使用精确定位和对齐工具将氯甲烷分子放置在沸石骨架的主通道中。然后,您将使用移动工具沿沸石孔移动氯甲烷。
目的:了解“移动到-Move To”模式、精确移动工具和“材料可视化器- Materials Visualizer”中的对齐工具的使用。
本教程重要节点:
导入沸石并定义质心-绘制氯甲烷并将其沿通道对齐-将氯甲烷移动到通道的中心-将氯原子定位在结构边缘-将氯甲烷分子移动特定量
1. 导入沸石并定义质心
第一步是导入沸石框架。
从菜单栏中选择File | Import...或单击标准工具栏上的Import按钮导入以打开导入文档对话框。导航到并选择 Structures\zeolites\MOR.msi,然后单击Open按钮。
沸石框架被导入到项目中。最初,该结构具有高度对称性,在继续本教程之前必须减少这种对称性,因为它会*您添加原子并在孔隙周围移动它们的能力。您将通过将结构分配给最简单的空间群 P1 来降低结构的对称性。
从菜单栏中选择Build | Symmetry | Make P1。
要将氯甲烷分子置于沸石通道的中心,您必须首先定义一个质心。质心是定义一组原子中心的几何对象。
在本教程中,您将把氯甲烷分子放在*通道的中间。为此,您需要选择定义通道的所有原子(在下图中以球棒显示样式显示)。
定义质心的沸石通道原子
最简单的方法是使用套索选择工具。
将光标定位在上图中 X 指示的位置。按住 SHIFT 和 Q 键,单击并按住鼠标左键并在定义通道的原子周围拖动光标,以便套索选择所有原子。
下一步是定义选