Trimmomatic 质控
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发布时间：2023-05-05 14:40
共1个回答
热心网友
时间：2023-11-14 20:28
其中seqtk截取数据，head等提取reads数目；
1、去除adapter序列以及测序中其他特殊序列；
2、采用滑动窗口的方法，切除或者删除低质量碱基；
3、去除头部低质量以及N碱基过多的reads；
4、去除尾部低质量以及N碱基过多的reads；
5、截取固定长度的reads；
6、丢掉小于一定长度的reads；
7、Phred 质量值转换
Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关，通常的过滤步骤如下：
每一步的过滤如果需要多个参数，通常用冒号:将各个参数隔开，当然参数的先后顺序是有要求的。
ILUMINACLIP
从名字可以看出，这一步是为了去除 illumina 接头的，这个软件其实就是专为 illumina 平台数据而设计的。
PE 模式的两个输入文件：sample_R1.fastq sample_R2.fastq以及四个输出文件：sample_paired_R1.clean.fastq sample_unpaired_R1.clean.fastq sample_paired_R1.clean.fastq sample_unpaired_R1.clean.fastq
网上搜索到一个图片展示：
详细可参考8种特殊建库测序 https://www.cnblogs.com/think-and-do/p/6613719.html
常见报错信息：
1.接头文件未识别或者不对应；
2.原始文件抽取bug----下机数据足够，抽取显示数据不足
3.文件抽取失败；
4.服务器运行故障；
遇到1，2问题，结果文件夹中会出现部分结果，但是没有clean_data文件或者数据量不足（常见于2），这时候需要把该样本跑出的结果删掉再重新跑；
遇到3，4问题，一般是该样本未顺利进行，结果文件夹中也没有对应的文件，重置task在运行即可。
后面会根据raw_data（缩减后）--clean_data的数据，展示质控前后数据质量的变化。fastp软件详解见 https://www.jianshu.com/p/642890df29e5
热心网友
时间：2023-11-14 20:28
其中seqtk截取数据，head等提取reads数目；
1、去除adapter序列以及测序中其他特殊序列；
2、采用滑动窗口的方法，切除或者删除低质量碱基；
3、去除头部低质量以及N碱基过多的reads；
4、去除尾部低质量以及N碱基过多的reads；
5、截取固定长度的reads；
6、丢掉小于一定长度的reads；
7、Phred 质量值转换
Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关，通常的过滤步骤如下：
每一步的过滤如果需要多个参数，通常用冒号:将各个参数隔开，当然参数的先后顺序是有要求的。
ILUMINACLIP
从名字可以看出，这一步是为了去除 illumina 接头的，这个软件其实就是专为 illumina 平台数据而设计的。
PE 模式的两个输入文件：sample_R1.fastq sample_R2.fastq以及四个输出文件：sample_paired_R1.clean.fastq sample_unpaired_R1.clean.fastq sample_paired_R1.clean.fastq sample_unpaired_R1.clean.fastq
网上搜索到一个图片展示：
详细可参考8种特殊建库测序 https://www.cnblogs.com/think-and-do/p/6613719.html
常见报错信息：
1.接头文件未识别或者不对应；
2.原始文件抽取bug----下机数据足够，抽取显示数据不足
3.文件抽取失败；
4.服务器运行故障；
遇到1，2问题，结果文件夹中会出现部分结果，但是没有clean_data文件或者数据量不足（常见于2），这时候需要把该样本跑出的结果删掉再重新跑；
遇到3，4问题，一般是该样本未顺利进行，结果文件夹中也没有对应的文件，重置task在运行即可。
后面会根据raw_data（缩减后）--clean_data的数据，展示质控前后数据质量的变化。fastp软件详解见 https://www.jianshu.com/p/642890df29e5
