小鼠clusterProfiler:GO KEGG
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发布时间：2023-04-09 21:49
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时间：2023-09-11 18:34
##################################################富集分析
library(clusterProfiler)
#人种 org.Hs.eg.db 小鼠 org.Mm.eg.db
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")
library(org.Mm.eg.db)
##转换ID
trans <- bitr(gene, fromType="SYMBOL",
toType="ENTREZID", OrgDb="org.Mm.eg.db")
#######################GO
ego <- enrichGO(gene = trans$ENTREZID,
OrgDb = org.Mm.eg.db,
ont = "ALL",
pAdjustMethod = "BH",
pvalueCutoff = 0.05,
qvalueCutoff = 1,
readable = TRUE)
head(ego@result)
result<-ego@result
write.csv(result,file = 'go.result.csv',quote = F,row.names = T,col.names = T)
##########################KEGG
#organism supported organism listed in ' http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html '
#hsa 人；mmu 小鼠
kk <- enrichKEGG(gene = trans$ENTREZID,
organism = 'mmu',
pvalueCutoff = 0.05,
qvalueCutoff = 1)
tmp <- data.frame(kk)
kkx <- setReadable(kk, 'org.Mm.eg.db', 'ENTREZID')
kk<- data.frame(kkx)
write.csv(kk,file = 'kegg.result.csv',quote = F,row.names = T,col.names = T)
小鼠clusterProfiler:GO KEGG
write.csv(result,file = 'go.result.csv',quote = F,row.names = T,col.names = T)KEGG organism supported organism listed in ' http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html 'hsa 人；mmu 小鼠 kk <- enrichKEGG(gene = trans$ENTREZI...
R包 clusterProfiler: GO和KEGG富集结果显示基因symbol
（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE;(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。
用clusterProfiler包进行KEGG富集分析遇到Error记录
提示我输入的物种缩写名错了，必须是KEGG网站上的名字，但是我输的 "mmu"就是小鼠对应的缩写名。
【R语言】clusterProfiler富集分析,物种注释数据库
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R | GO富集结果描述太长怎么办?
近期在使用 clusterProfiler 的GO/KEGG富集结果进行绘图时，注意到一些条目的描述过于长，需要增加图片的宽度才能看到中间bar/dot的信息。利用 DOSE 包中的数据进行如下展示 左侧注释信息太长导致中间bar的部分被压缩得难以比较，zoom虽然可以解决这个问题，但我还是希望有一个方法可以调整左侧字符，使得中间bar...
富集分析:(三)clusterProfiler概述
3. clusterProfiler支持的基因集(gene sets)或基因通路数据库 4. clusterProfiler功能 —— 富集分析(enrichment analysis)4.1. 过表达分析(Over Representation Analysis, ORA)过表达分析是用于采用超几何分布检验判断已知的生物功能或过程(例如GO/KEGG)在实验产生的基因列表(例如差异表达基因列表: ...
基因集富集分析(GSEA)基础
具体而言，KEGG基因集存储在C2目录下，而GO基因集位于C5目录下。这些资源主要针对人类，但其他物种的基因集可通过msigdbr包获取，GSEA官网还提供了针对小鼠的数据集下载链接。GSEA的主要实现通过两种常见方式完成：使用clusterProfiler包中的GSEA函数或fgsea包中的fgsea函数。实现流程涉及两个关键步骤：准备输入...
GO、KEGG富集分析(一)有参情况
clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。 进行GO分析时，需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包，包含了这些物种的GO注释信息...
关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟
在做 jimmy 大神布置的作业：对比 Gorilla, clusterProfiler, topGO 三种工具 作业做到 GSEA 法 得到的结果是下面这样的，出现了65个条目和10个条目两种，似乎还有0条，但手慢无截图 当时的想法是这样的：毕竟日常网络不好，总天真的以为5G来了一切就解决了┑(￣Д ￣)┍ 没有错，前后呼应，这是...
