如何用cufflinks 拼出一个理想的注释文件

发布网友发布时间：2022-05-31 02:13

共1个回答

热心网友时间：2023-10-05 21:04

步骤：
第一步：产生各自的gtf文件
cufflinks -p 30 -o ROOT RF12.merged.bam
cufflinks -p 30 -o LEAF LF12.merged.bam
发现产生的gtf文件都是单exon
第二部：将产生的gtf文件放到namelist 中
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/LEAF/transcripts.gtf
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/ROOT/transcripts.gtf
第三部执行cuffmerge
cuffmerge -g Osativa_204_gene.gtf -s ./Osativa_204.fa -p 50 new_namelist
结果：
/share/bioinfo/miaochenyong/call_snp/testgroup/newGTF/using_new_versin_naturepipe/merged_asm/merged.gtf
gene_id是merge新生成的，但是gene_name如果在参考的gtf中有，会保留。新的gene_name都只是单exon.

background:
在做ASE的过程中，发现很多的SNPsites并没有落到Osativa204 所提供的gene id上，为了给这些位点分配一个gene id，准备用cufflinks自己拼一个出来