如何在uniprot数据库中查找某个蛋白序列
发布网友
发布时间：2022-04-23 02:50
共2个回答
懂视网
时间：2022-05-03 14:55
由于蛋白质组学的发展，使得蛋白质数据库也日益丰富，数据库的专一性及综合性均增强，而且，通过超文本的链接，可以使多个数据库进行相互的衔接。目前，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天就来讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。
拿到蛋白质组学鉴定结果后，看懂数据库当然是第一步的。
以常见的牛血清白蛋白（BSA）为例，首先下载BSA的数据库信息
首先sp表示，Swiss-Prot数据库是注释精炼的蛋白序列库，它的所有序列都经过了科学家的查阅文献核实(reviewed, manually annotated) 。
P02769是蛋白在uniprot上的ID号，即蛋白的身份证号。
ALBU_BOVIN是蛋白在uniprot上的登录名，跟P02769是一个作用。
Serum albumin是蛋白名称，即蛋白的姓名啦。
OS表示Organism，也就是物种名称，数据库中的物种名称一般为拉丁名称，牛血清白蛋白Bostaurus当然是牛的拉丁。
GN表示gene name,即基因名称。
PE表示ProteinExistence，即蛋白的可靠性，PE=1、2、3、4、5分别对应如下，可以看出数字越小可靠性越高：
1. Experimental evidence at protein level
2. Experimental evidence at tranlevel
3. Protein inferred from homology
4. Protein predicted
5. Protein uncertain
SV表示SequenceVersion，即序列版本，即蛋白的身份证第二代，第三代……
这里需要指出的是，除了sp，有时还会出现下图的情况。
唯一不同的只有Tr，这里Tr，TrEMBL数据库全称“Translation of EMBL”，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的，其中TrEMBL收录的是未经人工注释的编码DNA序列翻译数据。(unreviewed, automatically annotated)，不难看出，相比之下，sp数据库更可靠。
登陆uniprot官方网站（http://www.uniprot.org/，见截图）即可看到，目前uniprot网站收录的sp数据库有554241条蛋白条目，tr数据库有84827567条。当然这一数据每天都有更新。更多数据库参考信息相关链接：
UniProt数据库怎么看
标签：image rem from code mamicode 不难 科学家 mat taurus
热心网友
时间：2022-05-03 12:03
NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列PopSet
包括研究1个人群、1个种系产生或描写人群变化的1组组联合序列。PopSet既包括核酸序列数据又包括蛋白质序列数据。
Entrez
功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同1数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当应用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行类似性检索时，则会触及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接产生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。BLAST(Basic
Local
Alignment
Search
Tool）是用于序列类似性检索的1个重要数据库，是辨别基因和基因特点的工具。该软件能在15秒内完成全部DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相干度有明确的统计学解释，以便更容易地将相干记录与随机的数据库记录像辨别。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。
BLAST
主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是1种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped
BLAST
和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped
BLAST
允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相干序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反应相干序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific
Iterated
BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。Dnastar
可以用于解决你踢完的后半个问题
