gtf文件转化为bed12

发布网友发布时间：2022-11-24 19:00

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热心网友时间：2024-10-04 07:21

bed文件的定义：
【生信】数据格式：bed12格式详解 - (jianshu.com)

bed文件定义中有12列，其中前三列是必须的。
bed12表示包含12列的bed文件，包含的信息最完整。
bed文件官方网页: https://m.ensembl.org/info/website/upload/bed.html

前三列：

这个例子也只给了前9列的信息

先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。

或者使用gtf2bed
链接：
https://gffutils.readthedocs.io/en/latest/gtf2bed.html
参考：
https://www.jianshu.com/p/847801e8bf92
这篇文章作者写了一个python脚本可以把bed6转化为bed12。

本来我是想使用bedtools 把bed12文件提取出fasta文件，得到read的序列信息
所以才这么折腾

后面查了一下，可以直接使用cufflink中的gffread把gtf文件提取出对应的fasta文件
参考链接：
https://www.jianshu.com/p/566954bd5711
或者使用Tophat中的gtf_to_fasta

参考： https://www.tqwba.com/x_d/jishu/204915.html

gtf文件转化为bed12

bed文件定义中有12列，其中前三列是必须的。bed12表示包含12列的bed文件，包含的信息最完整。bed文件官方网页: https://m.ensembl.org/info/website/upload/bed.html 前三列：这个例子也只给了前9列的信息先使用convert2bed把gtf转化为bed6文件。再使用别人开发的工具把bed6文件转化为bed12文件。

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