问答文章1 问答文章501 问答文章1001 问答文章1501 问答文章2001 问答文章2501 问答文章3001 问答文章3501 问答文章4001 问答文章4501 问答文章5001 问答文章5501 问答文章6001 问答文章6501 问答文章7001 问答文章7501 问答文章8001 问答文章8501 问答文章9001 问答文章9501

如何快速从转录组数据中筛选目标基因!

发布网友 发布时间:2022-11-19 15:46

我来回答

1个回答

热心网友 时间:2024-11-20 17:38

如何从海量高通量测序数据中筛选出目标数据?这是困扰大多数老师的一个难题!

我以一个excel的简单函数为例,演示一下如何从表格中快速筛选感兴趣的基因等信息。

函数的名称是 VLOOKUP函数 ,该函数是Excel表中的一个纵向查找函数,学会该函数之后, 可以方便我们从所有基因的结果中筛选我们关心的基因相关信息,比如:基因的长度、基因在样品中的表达量、基因的注释等等信息 。

VLOOKUP函数需要输入4个值:

1、要查找的值,比如:基因的ID;

2、需要查找的区域;

3、区域中包含返回值的列号,也就是找到相关值之后返回第几列的信息;

4、精确匹配或者近似匹配,一般我们选择精确匹配。精确匹配采用0/FALSE、近似匹配采用1/TRUE。

一般来说,我们做完转录组测序,都会有一个总表,表里有所有基因的ID、长度、表达量、差异倍数、注释信息等等,表格很大,内容很多。

如果我们想提取某些差异基因的基因长度信息,那么我们该如何操作呢?

我们需要在需要提取长度信息的差异基因表中加上一列gene_length列。

然后插入VLOOKUP函数,按要求输入4个参数,点击确定即可。

以上是利用基因ID在总表中查找一列信息,比较简单。如果我们想查找多列信息该如何操作呢?

方法相似,我们可以在总表中插入deg_gene列,然后去差异基因表中查找基因ID即可,具体操作如下:

到这里,一个简单的Excel表筛选基因信息的方法就介绍完了,实际上在公司给出转录组标准分析之后,很多个性化都可以由自己解决,您需要的仅仅是高手领进门!

更多生物信息课程:

1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接: 基因家族分析实操课程 、 基因家族文献思路解读

2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接: 转录组(有参)结果解读 ; 转录组(无参)结果解读

3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接: WGCNA-加权基因共表达网络分析

4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接: 转录组标准分析后的数据挖掘 、 转录组文献解读

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 、 OTU网络图绘制 、 cytoscape与网络图绘制课程

6. 生物信息入门到精通必修基础课,学习链接: linux系统使用 、 perl入门到精通 、 perl语言高级 、 R语言画图

7. 医学相关数据挖掘课程,不用做实验也能发文章,学习链接: TCGA-差异基因分析 、 GEO芯片数据挖掘 、 GSEA富集分析课程 、 TCGA临床数据生存分析 、 TCGA-转录因子分析 、 TCGA-ceRNA*网络分析

8.其他课程链接: 二代测序转录组数据自主分析 、 NCBI数据上传 、 二代测序数据解读 。
声明声明:本网页内容为用户发布,旨在传播知识,不代表本网认同其观点,若有侵权等问题请及时与本网联系,我们将在第一时间删除处理。E-MAIL:11247931@qq.com
八月中国最凉快的地方 八月份哪里最凉快,去哪旅游好?美丽的地方 乱字同韵字是什么意思 华硕笔记本电脑触摸板怎么开笔记本电脑触摸板怎么开启和关闭_百度知 ... 陕西职务侵占案立案准则 结婚后我的恋情维系了十年,怎么做到的? 玉米仁子饭产自哪里 中国期货交易所的交易品种有哪些? 历史要怎么读,有啥诀窍 高中历史诀窍 ceRNA研究机制(三) 2015年浙江省高考作文怎么写 绘本故事分享:《小蚯蚓的“垃圾”美食》 《画壁》观后感 2018年防汛抗洪先进集体事迹材料范文(2篇) 那些《巴黎评论》采访过的女作家(1)-伊萨克·迪内森 4-0!帽子戏法!西甲6场9球!欧洲足坛又一21岁天才 九江哪有打耳洞的?,男孩打的...! 世界上有几种老虎? 九江近视激光价格大约是多少? 印支虎的外形特征 印支虎主要分布在哪些地区? 印支虎的介绍 一个古装电视剧 讲的是 皇帝失忆流落民间 好吧 我也我忘记了是太子还是... 属羊宝叫王高尚好吗 2个方法,避免“选择”失误 观《五亿雷洛传1和2》后感 集团电话交换机 线乱了 同一个交换机划分多个Vlan,再串联,会不会造成混乱? 交换机的灯突然乱闪,网络全断了,断电后重启又可以,这是什么原因?_百度... 谁能告诉我的H.O.T斗魂(the spirit of fighter)的下载地址。网站上的... 玛利亚 迪桑 苏州垃圾分类垃圾桶颜色,苏州垃圾分类标识 大家帮我找找名人的墓志铭,要英语的,还要有中文解释的 墓志铭是什么?名人的墓志铭? 《全球通史》经典语句有哪些? 哪部电影的爱情观让你万分认同? 电影《爱情神话》中有哪些不一样的女性角色和爱情观? 世界通史只讲外国历史? 全球通史的中国古代历史 跪求《全球通史:从史前到21世纪》电子书,谢谢好心人 需求分析有哪几部分? 中央六套2016年08月19号电影频道 我想玩手机单机动作游戏 猎魔人之嗜血契约 。能不能帮我把这个游戏破解... 猎魔人血源现在能看吗 小米空气净化器适合放工厂吗? 现在空气净化器选择哪个牌子比较好? 311开头的警号 上海警号开头027是哪个区的警察 win2019无法设置固定ip地址