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perl程序提取数字和相应内容

发布网友 发布时间:2022-04-23 06:31

我来回答

3个回答

热心网友 时间:2023-06-30 09:26

对文件2做hash,如果文件过大,则hash会相当大,相当占内存,建议只对文件1做hash,然后读文件2,逐行比对。写个简单的供参考
open F1,"<file1"
or die"cannot open file1:$!";
open F2,"<file2"
or die"cannot open file2:$!";
open OUT,">out"
or die"cannot open out:$!";

my %file1;
while(<F1>){
$file1{$1.'_'.$2}=1 if /(\d+)\s(\d+)/;#发现你有重复的,如果有特殊要求,则另改
}

my $gene;
while(<file2>){
if(/^rp/){
$gene=$_;
}else{
if(/E\d+\s(\d+)\s\w+\s+(\d+)\s+\d+/){
if($file1{$1.'_'.$2}){
print "$gene$_";
if($1<=20){
my $line=substr($_,(20-$1),21);#看了下,并不是每个都有20-40的位置
print "$line\n";
}else{
my $line=substr($_,0,(21-($1-20));
print "$line\n";
}
}
}
}
}追问谢谢你,正是我要的。。呵呵,不过 my $line=substr($_,0,(21-($1-20));这行少了个括号;while(){,这行应该是while(){。

热心网友 时间:2023-06-30 09:27

截取某一个区间长度序列用substr
my $subseq=substr($seq,$BeginSite,$Length)

热心网友 时间:2023-06-30 09:27

这个在cu 上不是回答你了吗,先读b文件,提取数字存为hash 键,值指向后面那串actga,这个键的格式要和a文件一样,然后读b文件 判断是不是存在这个hash里面即可追问对,是这样的。我调试你的程序,可是总是有问题,自己修改之后运行结果也不对。

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