生信格式之vcf格式
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发布时间：2022-11-28 22:13
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时间：2023-10-24 10:35
（2） AD ：allele depths，表示sample中该位点里不同allele的覆盖度，一般有两个，逗号分隔，分别表示REF(0)、ALT(1)的覆盖度。如果ALT有两种可能，则就有三个值。
（3） DP ：表示sample中该位点的总覆盖度，一般为 AD 所有值的和。
（4） GQ ：Genotype的质量值，类似第6列的含义，不过这里是针对每个样本的计算。
（5） PL ：genotype likelihoods，指定的三种基因型（0/0，0/1，1/1）的质量值（provieds the likelihoods of the given genotypes）；这三种基因型的原始概率总和为1，再经过 -log10 转换。值得注意就是该值越大，表明为该种基因型的可能性越小。所以最有可能的genotype的值为0（参考下图）。
参考文档链接
1、基因组变异检测概述 http://www.360doc.com/content/18/1213/11/52645714_801492183.shtml
2、The Variant Call Format (VCF) Version 4.2 Specification https://github.com/samtools/hts-specs
3、VCF格式的学习及对VCF文件的统计 https://www.jianshu.com/p/38f734ae47f5
PS：部分图片来自网上，侵删~
