icimapping定位区间怎么看
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发布时间：2023-02-24 00:09
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时间：2023-07-17 08:21
当运行完毕后，可以查看结果，结果文件包含8中类型：
COE文件：遗传图marker间相关性下三角矩阵文件
ICAA文件：复合区间作图二维扫描的加性效应下三角矩阵文件
ICLD文件：复合区间作图二维扫描的lod值下三角矩阵文件
MTP文件：marker 分型频率、偏分离卡方检验、缺失marker分型估计
RICE文件：复合区间作图二维扫描结果文件
QICE文件：复合区间作图识别两个基因上位性QTL文件
STA文件：基本的表型数据统计文件
STP文件：复合区间作图逐步回归文件
COE文件：
MarkerID：整数表示的MarkerID；
MarkerName：Marker name；
First row：Marker ID、MarkerName和MarkerID；
Other：marker 间相关系数；
MTPfile：
MarkerID：整数表示的MarkerID；
MarkerName：Marker name；
Chromosome：chromosome ID （从1开始计数）；
Position：Marker 在连锁群中的位置；
Size（2）：基因型与P1一样的个数；
Size（1）：基因型与F1一致的个数；
Size（0）：基因型与P2一致的个数；
Size（-1）：基因型缺失的个数；
Chi-Square：Marker 偏分离卡方检验统计量；
Pr>ChiSq：卡方检验的可能性；
RICE文件：
TraitID：整数表示的性状ID；
TraitName：性状名称；
Chromosome1：第一次扫描位置的Chromosome ID；
Position1：第一个QTL的扫描位置；
Chromosome2：第二次扫描的Chromosome ID；
Position2：第二个QTL扫描位置；
LOD（AA）：主要由上位性得到的LOD值；
LOD（AAbyE）：主要由上位性和环境互作得到的LOD值；
V(AA)：主要由上位性造成的遗传变异；
V（AAbyE）：由上位性和环境互作造成的遗传变异；
PVE：表型贡献率；
PVE（AA）：由上位性得到的表性贡献率；
PVE（AAbyE）：由环境和上位性得到的表型贡献率；
Add1：position1位置的加性效应；
Add2：position2位置的加性效应；
AddbyAdd：position1和position2共同作用的加性效应；
A1byE_01、A1byE_02、A1byE_03... ：在不同环境下的position1的加性效应；
A2byE_01、A2byE_02、A2byE_03...：在不同环境下的position2的加性效应；
QICE文件：显著性的QTL文件
各列表示意义同RICE文件；
STA文件：
EnvironID：一个整数表示的环境ID；
EnvironName：环境名称；
SampleSize：样本大小；
Mean：表型数据均值；
Variance：表型方差；
StdError：表型方差标准误；
Skewness：表行数据偏斜度；
Kurtosis：表型数据峰度；
Minimum：表型数据最小值；
Maximum：表型数据最大值；
Range：表型数据范围；
W-test：Shapiro Wilk W-statistic 检验；
P-test：Shapiro Wilk W-statistic 的P-value；
STP文件：
EnvironID：整数表示的环境ID；
EnvironName：环境名称；
Method：加性和上位性作图的逐步回归区分；
VariableID：Marker pairs
Intercept：逐步回归停止；
Rsq：通过最终的模型解释表型变异；
其中RICE和QICE文件是最后的结果文件，需要重点查看的。
至于图形结果，可以直接点击EPI和EPI（Q）（这两个图标是明亮时分别点击直接出图），点击位置如下图中红框圈出的位置：
