perl怎么从一个序列中截取不同位置的字符串,并保存成txt格式

发布网友发布时间：2022-04-29 23:42

共3个回答

热心网友时间：2022-04-26 11:59

open F,"1.txt"; #画面上文件
open O,">2.txt"; #保存到2.txt
@array=<F>;
$count=0;
foreach (@array){
s/\s+//g;
if(/[A-Z]+/){@new=split(undef,$_);}
foreach (@new){ $count++;
if($count>=10 and $count<=20){ push @new1, $_;}     #把10和20分别改成你要的范围，例如1000    2000，前提确保你的序列有那么长
if($count>=30 and $count<=50){ push @new2, $_;}     #把20和40分别改                  3000    5000
if($count>=60 and $count<=80){ push @new3, $_;}}    #把60和80分别改                   6000   8000
                 }
print O ">1000-2000\n";foreach(@new1){print O $_;} print O "\n";
print O ">3000-5000\n";foreach(@new2){print O $_;} print O "\n";
print O ">6000-8000\n";foreach(@new3){print O $_;}

追问你忒强大了，佩服的五体投地！俺也想学，有没有perl教程或比较实用的联系可以推荐给给俺的？再次感谢！

追答Sams teach yourself PERL in 24 hours
Beginning Perl for Bioinformatics
Beginning Perl(Wrox 2012)
Learning Perl 6th Edition
Programming Perl(4th)
Perl.5.By.Example
Perl Cookbook
基本上最有名的都在这里了，第一，第二本非常适合初学者。如果学习Perl是用来做生物的话，学习第二本就可以了。

热心网友时间：2022-04-26 13:17

我帮你解释下问题， substr超出范围，就是说你截取的长度超出了实际值，标量$answer没有初始化，最后提醒下不要写-,是_。追问为什么会超出范围呢，我的序列有20M个左右的字符啊？perl零基础啊，求修改后的脚本。不胜感激！

追答建议你先看下你的文件，你的文件是否是这样fasta文件，如果是里面是这样的结构，例如
>scaffold ad13124
ATCGTGTCGDTGCT....
>scaffold ad13125
TTTTCTCNATC...
.....
我给你的的代码只是处理你例举的文件形式，而不是对上面我例举的，请先看好文件，不然无法写你想要的东西~

热心网友时间：2022-04-26 14:52

你不会perl，perl很简单，找个人稍微指导下一周搞定。
$string=fsdfsadfsafsaf;
@ch10=$string=~/(\S{10})/g;