无参物种可以进行全基因组关联分析么
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发布时间:2022-04-29 18:52
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时间:2022-06-19 22:34
基于第二代高通量测序技术,对于有参考序列的物种,针对不同的真菌菌株,可通过全基因组重测序的方法获得全基因组范围内完整的变异信息,讨论群体的遗传结构、影响群体遗传平衡的因素以及物种形成的机制,定位重要性状位点,为后续分子育种打下坚实基础。同时,通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基因组的基因型鉴定,并与关注的表型数据进行全基因组关联分析(GWAS),找出与关注表型相关的SNP位点,定位性状相关基因。随着测序成本降低和拥有参考基因组序列的物种增多,基因组重测序也成为育种研究中迅速有效的方法之一,在全基因组水平扫描并检测出与重要性状相关的变异位点,具有重大的科研价值和产业价值。
近日,Nature Genetics发表的一篇文章就充分利用了微生物基因组测序与以全基因组重测序为基础的全基因组关联分析结合的方法,揭示了裂殖酵母遗传与表型多样性之间的联系。研究者选取裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe作为研究对象,在全球20个国家范围内收集了时间跨度为100年的161个野生株系的S.Pombe,进行了全基因组测序,推测裂殖酵母在公元前340年开始广泛大量出现,祖先种到达美洲的时间为公园1623年。后续研究者又选取223个菌种进行全基因组关联分析,发现至少89个性状表现出一个关联。每个性状最显著的检测到的变异可以解释平均22%的表型差异,且indel的影响比SNP更大。
无参物种可以进行全基因组关联分析么
基于第二代高通量测序技术,对于有参考序列的物种,针对不同的真菌菌株,可通过全基因组重测序的方法获得全基因组范围内完整的变异信息,讨论群体的遗传结构、影响群体遗传平衡的因素以及物种形成的机制,定位重要性状位点,为后续分子育种打下坚实基础。同时,通过全基因组大样本重测序对真菌重要菌株进行全基...
动植物重测序--全基因组关联分析GWAS
GWAS(Genome-wide association study)是对遗传多样性丰富的自然群体的每个个体进行基因组测序,结合目标性状的表型数据,基于一定的统计方法进行全基因组关联分析,可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点。当然,GWAS可以应用于人的表型分析,这里暂时先说动植物的。GWAS已经发表的物种:玉米...
全基因组关联分析
全基因组关联分析为人们打开了一扇通往研究复杂疾病的大门,将在患者全基因组范围内检测出的SNP位点与对照组进行比较,找出所有的变异等位基因频率,从而避免了像候选基因策略一样需要预先假设致病基因。同时,GWAS研究让我们找到了许多从前未曾发现的基因以及染色体区域,为复杂疾病的发病机制提供了更多的线索。
gwas的工作原理
GWAS(Genome-wide association study),即全基因组关联分析,是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs。GWAS为人们打开了一扇通往研究复杂疾病的大门,将在患者全基因组范围内检测出的SNP位点与对照组进行比较,找出所有的变异等位基因频率,从而...
GWAS系列 | 带你读懂全基因组关联研究(一)
全基因组关联研究(GWAS),就像一场遗传密码的探索之旅,揭示了遗传区域与性状、疾病之间微妙的联系。通过扫描数百万遗传变异点,GWAS为我们揭示了无数与特定表型或疾病关联的基因热点。至今,这种研究方法已揭示了疾病的遗传奥秘,而随着样本量的膨胀和研究的深化,我们发现的关联变异数量还在持续增长。GWAS...
GWAS分析
GWAS,全称为全基因组关联分析,旨在探索基因型(SNP变异)与表型(关注的性状)之间可能的关联。在研究中,零假设(H0)认为某个SNP对表型没有影响,回归系数为零;而备择假设(H1)则认为SNP与表型存在相关性,回归系数不为零。这个过程旨在揭示影响个体差异的遗传因素。二、数据处理与筛选步骤 在进行...
动植物重测序--遗传图谱
总的来说,遗传图谱通常应用于两个性状差异明显的亲本和有多个性状表型的子代群体间的形状定位分析。无参的物种只能采用简化基因组构建图谱,但是一般不建议,构图的质量没有保证。需要构建家系群体,两个亲本和子代分别进行测序,不能混池测序。如果亲本缺失无法构建群体, 由于遗传图谱的...
1+1>2,GWAS+转录组联合分析,你一定要知道!
全基因组关联分析(GWAS)是以全基因组范围内的遗传标记为基础,通过基因分型,筛选出与复杂性状表型相关联的分子标记,进而挖掘与表型相关的候选基因。由于连锁不平衡的作用,GWAS分析中与目标性状关联的区域往往具有较大的宽度,可能会涉及多个高度连锁而非性状相关的基因,仅凭关联分析的结果来找到潜在的...
如何进行全基因组关联分析
全基因组关联分析是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持...
2021-01-27林木全基因组关联分析(GWAS)研究进展与展望
此外, 第二代测序技术也促进了全基因组范围内插入缺失(insertion/deletion, InDel)、拷贝数变异(copy number variation, CNV)等标记位点的开发与应用, 弥补了仅考虑SNP导致的数量性状“丢失遗传力”。1、全基因组关联分析(GWAS)是一种复杂性状功能定位的正向遗传学分析策略, 可直接利用群体内所有个体全...