激光共聚焦显微镜得到的光学切片如何还原成三维模型
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发布时间：2022-04-28 19:44
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时间：2022-05-17 14:41
ImageJ保存三维图片
1、ImageJ 1.50b File -> Open打开Stack图片，Stack图片具备有三个空间维度：X，Y和Z。
2、Plugins -> 3D -> Volume Viewer，其三维效果如下：
Volume Viewer参数设置：
Scale可*三维体积显示的比例，可进行放大、缩小（当前Scale 1.74）：
Hide TF可以按照左侧各方向（XY、YZ、XZ）剖线显示三维剖面图：
除鼠标拖拽动三维效果图外，还可以通过Rotation的x、y、z值转动三维效果图。此外，点击xy、yz、xz可分别展示其在xy、yz、xz方向的视图：
3、点击Volume Viewer下Save View：
得到该图片的三维效果图，File -> Save as…保存图片即可。
2
蔡司ZEN软件保存三维图片
ZEN数字成像软件是是所有蔡司光学显微成像系统共用的用户界面。该软件能简单快速地提供结果，可以随时查看系统提供的备选方案和正确的操作步骤。
ZEN数字成像软件界面如下：
ZEN数字成像软件拍摄Stack图片需设置拍摄的起点（Set First）、终点（Set Last）与步进等：
File -> Open打开拍摄好的Stack图片Chromo：
点击3D，显示三维边框即可显示Stack图片三维效果图：
File -> Export导出三维图片，格式选择Tagged Image File，Data选择Full resolution image window-single plane，选择保存文件夹即可保存三维图片：
ZEN数字成像软件还可以显示2D图像：
拆分荧光通道（Split）：
Gallery可显示Stack图片中的所有层面，类似ImageJ中Image -> Stacks -> Make Montage操作：
Ortho常用来显示三维共定位，下图层扫共聚焦图片通过正交视图可显示BrdU与GAD在三维空间中存在共定位：
ImageJ中正交视图操作为Image -> Stacks -> Orthogonal Views，ZEN中点击Ortho导出图片即可：
Cut可以显示三维立体模型特定三维切面额剖面图：
