Python如何输出某关键字符并输出完整字符串

发布网友发布时间：2022-04-27 05:36

共3个回答

热心网友时间：2022-04-07 12:33

下边是实现的代码

# -*- coding: utf-8 -*-
fileFa = open("SEQ.FASTA", "r")            # SEQ.FASTA为氨基酸序列文件
countName = 0
Seqlines = fileFa.readlines()
print u"共" + str(len(Seqlines)/2) + u"条序列"     #统计共有多少条序列
for i in range (0,len(Seqlines)/2):    #输出氨基酸序列名称
    print Seqlines[2*i].strip('>\n');    #去掉">" 和 "换行"
fileFa.close()

解释：

首先你的氨基酸序列文件非常有规律的存放在SEQ.FASTA文件中，格式如下：

">"+氨基酸名称+换行+氨基酸序列+换行

使用fileFa.readlines()将会把文件中的记录全部读入到变量中，并且返回一个列表，列表的格式如下：

['>氨基酸名称\n', '氨基酸序列\n', '>qwe56_44606\n', '
KKERDIWTSXAHVTFAKERTQLAYTLRILVHITLSFEQLLEMEIGLAVGGAFLSSALNVLFDRLAPRGELLKMFQRGKHD
V\n']

所以，如果想获取氨基酸序列有多少条，只需要知道列表的长度后除以2即可。

而获取氨基酸序列名称，只需要输出序列中偶数的项即可。回答完毕，希望对您有所帮助。

追问谢谢但是一般来说序列名是一行但是序列都不是一行的那怎么把那些序列都放在一行呢一般一个文件都有几万条序列肯定不能手动
或者还请你帮忙看一下后续的问题http://zhidao.baidu.com/question/1924164984543838947.html

追答楼上的方法就能解决你的问题，我就不多说什么了。

热心网友时间：2022-04-07 13:51

python 3语法如果你的python版本太老，可能不支持with语法、print函数，自己改下

热心网友时间：2022-04-07 15:26

如果存在序列占用多行的情况：

import itertools

def file2dict(filename):
    name = ""
    content = ""
    dct = {}
    for ln in itertools.ifilter(None, itertools.imap(
            lambda s: s.strip(),
            open(filename, 'rt')
            )):
        if ln.startswith(">"):
            if content:
                dct[name] = content
            name, content = ln[1:], ""
        else:
            content += ln
    dct[name] = content
    return dct

datadict = file2dict("SEQ.FASTA")
print "Total %d serial." % len(datadict)