怎样计算核苷酸的频率
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发布时间：2022-05-16 19:57
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时间：2024-03-01 07:26
单个核苷酸频率很容易计算，Nt/N，Nt为单个碱基在序列中出现的次数。
二联核苷酸频率的计算P=Nw/(N-1),Nw为二联核苷酸在序列中出现的次数。
二联核苷酸相对丰度值就是Tij=Pij/(PiPj),其中Pi是单个核苷酸出现的频率，Pij表示二联核苷酸出现的频率。对于随机序列，且相邻两核苷酸相互独立，理论上Pij＝piPj，也就是说相对丰度值应为1，所以1－Tij可作为序列对二联核苷酸偏性的测量。DRA反映了两个相邻碱基之间的相关程度。
