raxml 怎么在linux条件下使用

发布网友发布时间：2022-05-14 23:45

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热心网友时间：2023-08-14 18:30

1下载和安装
RAxML 可以在 Linux, MacOS, DOS 下运行，下载网址为自己百度
也可以使用phylobench.vital-it.ch/raxml-bb/ 在线运行。对于 Linux 和 Mac 用户下载 RAxML-7.0.4.tar.gz 用 gcc 编译即可, make –f Makefile.gcc。Windows 用户可以下载编译好的 exe 文件，而无需安装。
2 数据的输入
RAxML 的数据位 PHYLIP 格式，但是其名字可以增加至 256 个字符。“RAxML 对
PHYLIP 文件中的 tabs，inset 不敏感”。输入的树的格式为 Newick
RAxML 的查错功能
序列的名称有重复，即不同的碱基却拥有一致的名称。
序列的内容重复，即两条不同名称的序列，碱基完全一致。
某个位点完全由序列完全由未知符号组成，如氨基酸序列完全由 X,?,*,-组成，DNA 序列完全由 N,O,X,?,-组成。
序列完全由未知符号组成，如氨基酸序列完全由 X,?,*,-组成，DNA 序列完全由 N,O,X,?,-组成。
序列名称中禁用的字符如包括空格、制表符、换行符、:,(),[]等
3 RAxMLHPC 下的选项参数以及用法
-s sequenceFileName 要处理的 phy 文件
-n outputFileName 输出的文件
-m substitutionModel 模型设定方括号中的为可选项：
[-a weightFileName] 设定每个位点的权重，必须在同一文件夹中给出相应位点的权重
[-b bootstrapRandomNumberSeed] 设定 bootstrap 起始随机数
[-c numberOfCategories] 设定位点变化率的等级
[-d] -d 完全随机的搜索进化树，而不是从 maximum parsimony tree 开始。在 100 至 200 个分类单元间，该选可能会生成拓扑结构完全不同的局部最大似然树。
[-e likelihoodEpsilon]默认值为 0.1
[-E excludeFileName] 排除的位点文件名
[-f a|b|c|d|e|g|h|i|j|m|n|o|p|s|t|w|x] 算法
-f a rapid Bootstrap
-f b draw the bipartitions using a bunch of topologies
-f c checks if RAxML can read the alignment.
-f d rapid hill-climbing algorithm
-f e optimize the model parameters
-f g compute the per–site log Likelihoods for one ore more trees passed via -z.
-f h compute a log likelihood test (SH-test [21]) between a best tree passed via -t and a bunch of other trees passed via -z.
-f i performs a really thorough standard bootstrap
[-g groupingFileName] 预先分组的名称
[-h] program options
[-i initialRearrangementSetting] speccify an innitial rearrangement setting for the ininital phase of the search algorithm.
[-j]
[-k] optimize branchlength and model parameters on bootstrapped trees
[-l sequenceSimilarityThreshold] Specify a threshold for sequence similarity clustering. [-L sequenceSimilarityThreshold]
[-M] 模型设定
-m GTRCAT: GTR approximation
-m GTRMIX: Search a good topology under GTRCAT
-m GTRGAMMA: General Time Reversible model of nucleotide subistution with the gamma model of rate heterogeneity.
-m GTRCAT_GAMMA: Inference of the tree with site-specific evolutionary rates. 4 discrete GAMMA rates,
-m GTRGAMMAI: Same as GTRGAMMA, but with estimate of proportion of invariable sites
-m GTRMIXI: Same as GTRMIX, but with estimate of proportion of invariable sites.
-m GTRCAT GAMMAI: Same as GTRCAT_GAMMA, but with estimate of proportion of invariable sites.
-n outputFileName 输出文件名
-o outgroupName(s) 设定外类群如果有两个以上外类群，两者之间不能用空格，而应该用英文的"," DNA, gen1=1-500 DNA, gen2=501-1000
[-p parsimonyRandomSeed] [-P proteinModel]
[-q multipleModelFileName]
-q multiple modelfile name
如将以下信息拷贝到另存为文件 genenames
DNA, rbcLa = 1-526
DNA, matK = 527-1472
调用方法 -q genenames
-m GTRGAMMA
[-r binaryConstraintTree]
-s sequenceFileName 待分析的 phy 文件
[-t userStartingTree] 用户指定的进化树拓扑结构
[-T numberOfThreads]
[-u multiBootstrapSearches] Specify the number of multiple BS searches per replicate to obtain betterML trees for each replicate. [-v] 版本信息
[-w workingDirectory] 将文件写入的工作目录
[-x rapidBootstrapRandomNumberSeed] invoke rapidBootstrap
[-y] -y 只输出简约树拓扑结构，之后推出，该树也可以用于 GARLI 等软件
[-z multipleTreesFile]
[-#|-N numberOfRuns]
生成的文件
RAxML log.exampleRun: 运行时间、似然值/ number of checkpoint file
RAxML result.exampleRun: 树文件
RAxML info.exampleRun: -m GTRGAMMA or -m GTRMIX contains information about the model and algorithm used
RAxML parsimonyTree.exampleRun: -t.
RAxML randomTree.exampleRun: -d.
RAxML checkpoint.exampleRun.checkpointNumber: -j
RAxML bootstrap.exampleRun: -# and -b or -x
RAxML bipartitions.exampleRun: -f b
RAxML recedList.exampleRun: -l or -L
RAxML bipartitionFrequencies.exampleRun: -t , -z , -f m
RAxML perSiteLLs.exampleRun: -f g
RAxML bestTree.exampleRun: -x 12345 -f a
RAxML distances.exampleRun: -f x