软件项目计划阶段的主要困难表现为需求不明确、时间预估困难、资源分配不合理以及沟通不畅。需求不明确是指项目启动时对需求缺乏清晰的理解和规划，导致项目方向模糊，增加后期变更的风险。时间预估困难表现为难以准确评估项目完成所需时间，可能导致项目延期或过度压缩进度。资源分配不合理意味着分配给项目的资源不足或分配不当，导致项目进展受限或质量下降。沟通不畅指项目团队成员之间沟通不够充分、清晰，信息传递不畅，容易产生误解和冲突。